使用ncks in for循环从几个netcdf文件中提取数据

Question

我试图从netcdf文件中提取某些变量。如果将以下代码应用于单个文件，则以下代码可以工作：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc

另见问题：Hyperslab of a 4D netcdf variable using ncks以获得解释。现在，我想在几个具有以下名称的.nc文件上使用此代码：

20091208000001.nc
20091208000002.nc
20091208000003.nc

我尝试了以下循环：

# !bin/bash
for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

我知道错误了

ncks: ERROR received 4 filenames; need no more than two

如何使循环一次只从一个文件中提取，然后将从所有文件中提取出来的输出附加到一个输出文件中？

Answer 1

我相信ni_u,234,235,1这个词被误认为是另一个文件名。在此之前，您还需要另一个-d。

如果您正在处理多个nc文件，您可能需要重命名testU.nc，这样它们就不会重叠，或者可以使用ncrcat连接到一个文件中。例如。

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

Answer 2

我在您的脚本中看到了一些错误，但是没有什么可以导致您的实际错误。

• 舍邦线不应该包含空间，路径应该是绝对的。
• for条件中有一个逗号应该是分号 #!/bin/bash for ((x=1;x<=3;x+=1))做ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc do

当我将echo添加到您想要运行的命令中时，我会得到以下结果：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000002.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000003.nc testU.nc

三个调用，每个调用一个文件。密码起作用了。好像还有别的东西。你是在简化你的代码还是给我们看完整的代码？

Answer 3

@Packard在这两方面都是正确的。此外，1的步长是默认的，因此不需要。因此

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152 -d ni_u,234,235 -v vel_u 2009120800000${x}.nc testU${x}.nc