基于DTWCLUST形状的R: NA/NaN/Inf在外接函数调用中的聚类分析

Question

我们目前正在尝试使用dtwclust包运行一个形状，并且运行在以下问题中:对于数据的某些子集，接收以下错误消息：

Error in stats::hclust(stats::as.dist(distmat), method, members = dots$members) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

起初，我们认为我们可能丢失了数据中的数据。但是，我们测试了NAs、NAs、Infs和数据类型(数字)，结果一切正常。

让它变得更奇怪的是，当将数据细分为大约1.5k行大小的块时，它似乎可以工作。其他变量工作得很好。

我们找不到任何一致的模式，似乎没有接近解决方案--并将非常感谢您的专业知识和帮助。

若要使错误重现，请查找所附的代码和完整的数据集。

代码：

require(dtwclust)
hc_anger_sbd_k10 <- tsclust(anger, type = "h", k = 10L, preproc = zscore, seed = 100, distance = "sbd", centroid = shape_extraction, control = hierarchical_control(method="average"))

数据：Dropbox链接到数据

非常感谢和亲切的问候

Answer 1

您有空序列，即值都为零的序列。例如，anger[1949,]。根据SBD的定义，这类级数与任何其他级数之间的距离是无限的。

您可能需要使用类似于anger[rowSums(anger) != 0,]的东西来删除它们。