如何制作冲积图

Question

我想用library(alluvial)做一个冲积图

我的数据看起来是这样的：

  > id   Diagnose 1      Diagnose 2     Diagnose 3   
    1    Cancer          cancer           cancer            
    2    Headache        Breastcancer     Breastcancer             
    3    Breastcancer    Breastcancer     cancer   
    4    Cancer          cancer           cancer            
    5    Cancer          Breastcancer     Breastcancer             
    6    Cancer          Breastcancer     cancer            

等。

dataframe显示医生诊断的名称(只是示例，而不是真正的诊断)。

所以对于病人id 1，第一种诊断是癌症，第二种是癌症，最后一种是癌症。对于第二个病人，第一个诊断是头痛，然后是诊断乳腺癌等等。

我想做一个冲积图，显示每个病人的诊断进展。并收集所有“癌症”患者作为第一次诊断，等等。我如何制作一个冲积层图，如下所示：

Answer 1

您应该首先处理数据，然后使用alluvial函数：

library(dplyr)                                          # to manipulate data
library(alluvial)
allu <- data %>% 
        group_by(Diagnose1, Diagnose2, Diagnose3) %>%   # grouping
        summarise(Freq = n())                           # adding frequencies

# here the plot
alluvial(allu[,1:3], freq=allu$Freq)

​

​

使用数据(我删除了列名中的空格)：

data <- read.table(text = "id   Diagnose1      Diagnose2     Diagnose3        
    1    Cancer          cancer           cancer            
    2    Headache        Breastcancer     Breastcancer             
    3    Breastcancer    Breastcancer     cancer   
    4    Cancer          cancer           cancer            
    5    Cancer          Breastcancer     Breastcancer             
    6    Cancer          Breastcancer     cancer      ",header = T)

编辑

如果您有NAs，您可以尝试以这种方式替换它们：

# first, you should use the option stringsAsFactor = F in the data, in my case
data <- read.table(text = "id   Diagnose1      Diagnose2     Diagnose3        
    1    Cancer          cancer           cancer            
                   2    Headache        Breastcancer     Breastcancer             
                   3    Breastcancer    Breastcancer     cancer   
                   4    Cancer          NA           cancer            
                   5    Cancer          Breastcancer     Breastcancer             
                   6    Cancer          Breastcancer     cancer      ",header = T, stringsAsFactor = F )

# second, replace them with something you like:
data[is.na(data)] <- 'nothing'

最后，你可以画出这个情节，它将出现“选择”这个词来代替NAs。