整理图片图

Question

给定一个地块构造的两个向量，一个边和一个重：

edg <- c("ES1-3", "ES4-6", "ES4-6", "ES6-8", "ES6-8", "ES7-9", "ES7-9", 
"ES10-12", "ES10-12", "ES13-15", "ES13-15", "ES16-18", "ES16-18", 
"ES19-21", "ES19-21", "ES22-24", "ES22-24", "ES25-27", "ES25-27", 
"ES28-30", "ES28-30", "ES31-33", "ES31-33", "ES34-36", "ES34-36", 
"ES37-38", "ES13-15", "SA1-3", "SA1-3", "SA4-6", "SA4-6", "SA7-9", 
"SA7-9", "SA10-12", "SA10-12", "SA13-15", "SA13-15", "SA16-18", 
"SA16-18", "SA19-21", "SA19-21", "SA22-25")

用上述向量绘制代码：

g1 <- make_graph(edges=edg)

以及权向量：

E(g1)$weight = c(0.0051, 0.0022, 0.0152, 0.0257, 0.0039, 0.0109, 0.012, 
0.0275, 0.0108, 0.029, 0.0061, 0.0134, 0.0205, 0.0129, 0.0081, 0.0035, 
0.02, 0.0094, 0.0095, 0.0161, 0.0199)

现在，请看一看下面代码的结果：

 plot(g1,
 edge.label = E(g1)$weight,
 edge.arrow.size=.4,
 vertex.color='orange',
 vertex.size=7, 
 vertex.frame.color="orange",
 vertex.label.color="black", 
 vertex.label.cex=0.8,
 vertex.label.dist=1.1,
 margin=-.2,
 vertex.shape='circle')

​

​

我在这个情节上有几个问题，我不能正确地解决：

1. 尽管给edge.arrow.size=.4一个常数，边缘箭头大小有不同的大小，也就是说，一些箭头比另一些箭头大，我希望它们都具有相同的大小。
2. 我想用不同的颜色来表示代码，也就是‘SA’的右分支，即'SA1-3‘SA4-6’等等。我读到它与创建一个属性有关，就像我创建的权重向量一样，但无法正确地计算出来。
3. 我想要一个更整洁的图形，也就是说，不重叠的边缘标签与数字应该在箭头之上。正如您在plot(g1,...)代码上看到的那样，我试着调整了几个参数，但是没有一个参数给出了一个好看的、整洁的图表。
4. 每次我在R上运行下面描述的plot(g1,...)代码时，都会得到不同形状的图。这就是分支大小的变化，例如，左边的分支在右边，反之亦然。那是为什么？为什么每次我不修改代码就运行代码时，igraph总是为相同的代码提供不同的形状？

Answer 1

正如@RuiBaradas所评论的，默认布局有一个随机元素。为了使布局可重复，您必须显式地指定布局，或者使用类似于set.seed(123)的内容设置种子。但是，图上有许多相互竞争的标签。你随意做的几乎任何事情都会有问题，所以我建议你做一个明确的布局。我将在下面展示这一点。要更改顶点颜色，只需指定颜色向量，而不是单个常量。以下也显示了这一点。我还调整了vertex.label.dist和vertex.label.degree以控制标签相对于节点的位置。我没有看到你的问题与不同的箭头大小。

使用您的数据：

## First make a color map 
ColMap = rep("orange", vcount(g1))
ColMap[grep("^SA", V(g1)$name)] = "red"

## Create an explicit layout of the vertices 
## that will separate the labels
LO = matrix(0, nrow=22, ncol=2)
LO[1:5,1]   = 5:1
LO[7:14,1]  = (1:8)/1.7
LO[15:22,1] = (1:8)/1.7
LO[7:14,2]  = -(1:8)
LO[15:22,2] = 2:9


plot(g1, layout=LO,
  edge.label = E(g1)$weight,
  edge.label.cex = 0.8,
  edge.arrow.size=.4,
  vertex.color=ColMap,
  vertex.size=7, 
  vertex.frame.color="orange",
  vertex.label.color="black", 
  vertex.label.cex=0.8,
  vertex.label.dist=c(rep(1.2,5), rep(2.2,17)),
  vertex.label.degree = c(rep(-pi/2, 5), pi, rep(-0.1,8), rep(0.1,8)),
  margin=-.2,
  vertex.shape='circle')

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考虑到您想要在这个图中打包多少，这看起来不算太糟。至少你能读懂所有的东西。如果你不喜欢这个形状，你可以调整布局来定位你想要的东西。