多倍comparative.data应用错误- PGLS (caper)

Question

在以下问题上我需要帮助。

我生成了一个包含1000个comparative.data的列表，我希望使用每个comparative.data运行1000个pgls。为此，我尝试使用lapply函数，使用以下代码：

pg <- lapply(obj, function(z){pgls(formula = y ~ x, cd[[z]], lambda = "ML")})

obj是一个包含1000 data.frames和我的数据的列表。cd是我列出的1000 comparative.data的列表。

当我试图运行此代码时，以下错误返回：

 Error in pgls(formula = y ~ x, cd[[z]], lambda = "ML") : 
  object 'z' not found

我看不出错误的来源在哪里

提前感谢

更多信息

obj用于生成comparative.data。为了使用comparative.data列表中的1000个数据帧生成1000个obj，我使用了：

cd <- lapply(1:1000, function(x) comparative.data(phy = phylogeny, 
                                            data = as.data.frame(obj[[x]]), 
                                            names.col = species_name,
                                            vcv=T, vcv.dim=3))

要为第100次pgls运行一个comparative.data，代码是：

mod <- pgls(formula = y ~ x, cd[[100]], lambda = "ML")

obj 调用第一百和第一百

obj[[100]]
# A tibble: 136 x 3
# Groups:   Binomial, herbivores [136]
   Binomial                            herbivores      tm
 * <chr>                                    <dbl>   <dbl>
 1 Abies_alba                                 30. 0.896  
 2 Abies_balsamea                              2. 0.990  
 3 Abies_borisii-regis                         1. 0.940  
 4 Alcea_rosea                                 7. 0.972  
 5 Amaranthus_caudatus                         1. 0.173  
 6 Amaranthus_hybridus_subsp._cruentus         1. 0.310  
 7 Aquilegia_vulgaris                          9. 0.365  
 8 Arabidopsis_thaliana                        8. 0.00280
 9 Arabis_alpina                               2. 0.978  
10 Ariocarpus_fissuratus                       1. 0.930  
# ... with 126 more rows


cd[[100]]
Comparative dataset of 136 taxa:
Phylogeny: tree 
   136 tips, 134 internal nodes
   chr [1:136] "Mercurialis_annua" "Manihot_esculenta" 
"Malpighia_emarginata" "Comarum_palustre" ...
VCV matrix present:
   VCV.array [1:136, 1:136, 1:16] 61.9 189.3 189.3 189.3 189.3 ...
Data: as.data.frame(obj[[x]]) 
   $ herbivores: num [1:136] 4 1 1 5 19 21 7 4 4 2 ...
   $ tm        : num [1:136] 0.516 0.915 1.013 0.46 0.236 ...

Answer 1

由于cd是从obj创建的，因此不需要在lapply调用中引用obj，而只需传递您可以通过对象执行的comparative.data列表：

# BELOW d IS DATA FRAME OBJECT PASSED INTO LAPPLY LOOP
pg_list <- lapply(cd, function(d) pgls(formula = y ~ x, d, lambda = "ML"))

或按指数：

# BELOW i IS INTEGER VALUE PASSED INTO LAPPLY LOOP
pg_list <- lapply(seq_along(cd), function(i) pgls(formula = y ~ x, cd[[i]], lambda = "ML"))

或者，您可以组合这两个lapply调用，前提是您不需要中间对象cd列表用于其他目的：

# BELOW x IS OBJECT PASSED INTO LAPPLY LOOP
pg_list  <- lapply(obj, function(x) {    
                   cd <- comparative.data(phy = phylogeny, 
                                          data = as.data.frame(x), 
                                          names.col = species_name,
                                          vcv=T, vcv.dim=3))

                   pgls(formula = y ~ x, cd, lambda = "ML")
            })