将corrplot输出转换为grob

Question

我试图使用grid.arrange组合多种类型的图形/表，其中之一是使用corrplot的相关矩阵。是否有一种方法可以将corr图转换为grob或导出/导入为与grid.arrange兼容的映像？因为我正在组合的其他情节来自ggplot和tableGrob，所以我似乎不能像其他帖子中所建议的那样使用par(mfrow = c(2, 2))或layout(matrix(1:2))。

P1 <- corrplot(PANAcor, order="hclust", addgrid.col = "gray",  
               type="full", col = col2(50), tl.cex=1.5, tl.col="black", 
               method="color", tl.pos="lt", tl.srt=45, hclust.method = "average",
               cl.ratio = 0.25, cl.align = "l", number.cex = 2)

summary <- grid.arrange(
    top=textGrob(sprintf("%s Summary",subject), gp=gpar(fontsize=16,font=8)),
    blank, P1, P2,
    blank, T1, T2,
    ncol=3, widths = c(0.1, 3, 3), 
    nrow=2, heights= c(1, 1),
    bottom = textGrob(sprintf("%s run %s",version,runtime), 
    gp=gpar(fontsize=6,font=8), hjust=-1)
  )

gList中的错误(列表(1，0.45，0.62，0.55，0.68，0.64，-0.13，-0.37，-0.22 )：仅允许"gList“中允许的”grobs“，此外:警告消息:在grob$wrapvp <- vp中:强制LHS到列表

数据：

PANAcor <- structure(c(1, 0.56, 0.68, -0.49, -0.4, -0.39, 0.56, 1, 0.64, -0.55, 
                       -0.49, -0.54, 0.68, 0.64, 1, -0.69, -0.57, -0.65, -0.49,
                       -0.55, -0.69, 1, 0.82, 0.73, -0.4, -0.49, -0.57, 0.82, 1, 
                       0.71, -0.39, -0.54, -0.65, 0.73, 0.71, 1), 
                     .Dim = c(6L, 6L), 
                     .Dimnames = list(c("Anxious", "Irritable", "Upset", "Happy",
                                        "Enthusiastic", "Outgoing"), 
                                      c("Anxious", "Irritable", "Upset", "Happy", 
                                        "Enthusiastic", "Outgoing"))) 

col2 <- colorRampPalette(c("#7bffff","#7bbdff","#0000ff","black",
                           "#ff1a1a","#ff8000","#ffff4d"))

Answer 1

grid.echo + grid.grab来自gridGraphics包，将corrplot绘制的图形转换为外观相同的grob。问题是，grob看起来只有完全相同的图形设备大小。

再现问题

library(gridGraphics)
library(grid)

corrplot(PANAcor, order="hclust", addgrid.col = "gray",  
         type="full", col = col2(50), tl.cex=1.5, tl.col="black", 
         method="color", tl.pos="lt", tl.srt=45, hclust.method = "average",
         cl.ratio = 0.25, cl.align = "l", number.cex = 2)

## grab the scene as a grid object & save it to P1
grid.echo()
P1 <- grid.grab()

grid.draw(P1) # looks fine, until you resize the graphics device

原始大小(看起来与corrplot生成的图形相同)

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较大的大小(有色区域保持方形，即使矩阵已扩展到矩形单元格，也不要扩展到每个单元格的边缘)：

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较小的尺寸(有色区域的最小高度/宽度，使它们超出每个细胞的范围)：

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如果我们把多个grobs安排在一起，它几乎肯定会看起来很奇怪：

library(gridExtra)
grid.arrange(P1, P1, P1, layout_matrix = matrix(c(1, 1, 2, 3), nrow = 2, ncol = 2))

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简而言之，由于corrplot绘制图形的方式，当图形设备调整大小时，P1中的所有其他子grobs都会同步调整，但负责颜色的grob除外。

溶液

# save correlation matrix colors to a vector, then make coloured matrix grob transparent
matrix.colors <- getGrob(P1, gPath("square"), grep = TRUE)[["gp"]][["fill"]]
P1 <- editGrob(P1,
               gPath("square"), grep = TRUE,
               gp = gpar(col = NA,
                         fill = NA))

# apply the saved colours to the underlying matrix grob
P1 <- editGrob(P1,
               gPath("symbols-rect-1"), grep = TRUE,
               gp = gpar(fill = matrix.colors))

# convert the background fill from white to transparent, while we are at it
P1 <- editGrob(P1,
               gPath("background"), grep = TRUE,
               gp = gpar(fill = NA))

如果您使用gPath("square")的默认方法，请用gPath("circle")替换corrplot。我还没有测试其他方法选项以获得相应的grob名称，但是一般的原则应该是类似的。

检查所有东西都对齐了，

grid.arrange(P1, P1, P1, layout_matrix = matrix(c(1, 1, 2, 3), nrow = 2, ncol = 2))

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顺便说一下，您可能需要调整corrplot中的文本大小参数。根据您当前的代码，标签看起来相当大，当您将多个情节排列在一起时，标签可能会被切断。