Windows PermissionError & tempfile模块

Question

在测试期间，我们使用tempfile模块生成临时文件&dir。我们最近也开始在Windows上进行测试，并遇到了一堆PermissionErrors。

我最初认为这可能是因为Windows与Unix不同，它不允许同时访问文件。当我查看代码时，即使没有同时访问文件，也会发生这种情况。

一个常见的线程似乎是当我们在上下文中使用tempfile模块的结构时发生的错误(带语句)。当我们使用手动尝试--除了--最后，错误就消失了。

我正在研究解决这个问题的方法，上面提到的尝试--除了--最终也摆在了桌面上。

还有其他人遇到过这种情况或者有什么见解吗？

这是我们的测试功能(nosetest，但我不认为这是问题所在)

from nibabel.tmpdirs import InTemporaryDirectory
def test_high_level_glm_with_data():
    with InTemporaryDirectory():
        shapes, rk = ((7, 8, 7, 15), (7, 8, 7, 16)), 3
        mask, fmri_data, design_matrices = write_fake_fmri_data(shapes, rk)
        multi_session_model = FirstLevelModel(mask=mask).fit(
            fmri_data, design_matrices=design_matrices)
        z_image = multi_session_model.compute_contrast(
            np.eye(rk)[:2], output_type='z_score')
        variance_image = multi_session_model.compute_contrast(
            np.eye(rk)[:2], output_type='effect_variance')

        assert_array_equal(z_image.get_data() == 0., load(mask).get_data() == 0.)  # no error
        assert_true(
            (variance_image.get_data()[load(mask).get_data() > 0] > .001).all())  # error

这是回溯：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\site-packages\nose\case.py", line 197, in runTest
    self.test(*self.arg)
  File "C:\Users\kshit\OneDrive\workspace\nistats-org\nistats-repo\kchawla-pi\nistats\nistats\tests\test_first_level_model.py", line 104, in test_high_level_glm_with_data
    (variance_image.get_data()[load(mask).get_data() > 0] > .001).all())
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\site-packages\nibabel\tmpdirs.py", line 76, in __exit__
    return super(InTemporaryDirectory, self).__exit__(exc, value, tb)
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\site-packages\nibabel\tmpdirs.py", line 48, in __exit__
    self.cleanup()
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\site-packages\nibabel\tmpdirs.py", line 44, in cleanup
    shutil.rmtree(self.name)
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\shutil.py", line 507, in rmtree
    return _rmtree_unsafe(path, onerror)
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\shutil.py", line 391, in _rmtree_unsafe
    onerror(os.unlink, fullname, sys.exc_info())
  File "C:\Users\kshit\AppData\Local\conda\conda\envs\nistats-py37-latest\lib\shutil.py", line 389, in _rmtree_unsafe
    os.unlink(fullname)
PermissionError: [WinError 32] The process cannot access the file because it is being used by another process: 'C:\\Users\\kshit\\AppData\\Local\\Temp\\tmpbmgjqk03\\mask.nii'

如果我不使用with InTemporaryDir():，那么测试就能工作。

Answer 1

将nibabel.tmpdirs.InTemporaryDirectory替换为Python的tempfile.TemporaryDirectory解决了这个问题。

也许Nibabel的版本没有在清理之前关闭文件？不知道这是怎么回事，这解决了我的问题。