带Nipy蟒蛇的低样本mri T1图像

Question

我有一个T1图像，已经对齐了，维数为121x145x121。

图像由nibabel加载。体素大小为1.5×1.5×1.5毫米。

我想把它降到一个2.0x2.0x2.0mm分辨率的图像中，并保持图像对齐。

我对MRI图像处理知之甚少。我找不到清晰的教程。

我该怎么做？如果您知道任何其他Python库可以这样做，它也会工作。

Answer 1

我建议你用尼巴贝尔。它只需几行就可以下载您的nifti文件。

示例将图像重采样为大小为2x2x2的体素：

import nibabel
import nibabel.processing

input_path = r'/input/path/input_img.nii.gz'
output_path = r'/output/path/output_img.nii.gz'
voxel_size = [2, 2, 2]

input_img = nibabel.load(input_path)
resampled_img = nibabel.processing.resample_to_output(input_img, voxel_size)
nibabel.save(resampled_img, output_path)

只需更新input_path和output_path以反映您的文件。resample_to_output函数(voxel_size)中的第二个参数需要与输入的维度匹配，或者是单个值，然后，nibabel将假设您希望所有维度都具有相同的体素大小。

Nibabel信息：

医生：http://nipy.org/nibabel/.

安装说明：https://anaconda.org/conda-forge/nibabel