安装时rstan C++14错误(centos)

Question

安装rstan时出现以下错误：

Error in .shlib_internal(args) :
C++14 standard requested but CXX14 is not defined

从研究中了解到C++14编译器应该是可用的。如何在配置R的同时安装R.使用下面的命令配置R

./configure --with-readline=no --with-x=no

安装

yum install -y devtoolset-6

但是仍然不能更新C++14，rstan给出了错误。

Default C++ compiler:      g++   -g -O2
C++98 compiler:            g++  -g -O2
C++11 compiler:            g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++14 compiler:            g++   -g -O2  
C++17 compiler:              
Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
Obj-C compiler: 

setup.sh

 yum -y update
 yum install -y centos-release-scl
 yum install -y devtoolset-6
 yum install -y devtoolset-6-gcc-gfortran
 scl enable devtoolset-6 bash
 scl enable devtoolset-6-gcc-gfortran bash
 mkdir packages
 cd packages
 wget -qO- 
 https://downloads.sourceforge.net/project/libpng/zlib/1.2.8/zlib- 
 1.2.8.tar.gz | tar zvx
 cd zlib-1.2.8
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- http://downloads.sourceforge.net/pcre/pcre-8.35.tar.gz | 
 tar xzv
 cd pcre-8.35
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz | tar xzv
 cd xz-5.2.2
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- https://curl.haxx.se/download/curl-7.47.1.tar.gz | tar xzv
 cd curl-7.47.1
 ./configure
 make
 make install
 cd ..


 wget -qO- https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.4.tar.gz | 
 tar xzv
 cd R-3.4.4
 ./configure --with-readline=no --with-x=no --prefix=/packages/R-3.4.4 
 F77=gfortran
 make
 make install

Answer 1

我也有这个问题，在这里我记录了如何解决它。

关键是安装适当的g++并对其进行配置。

首先，安装g++版本的>= 5，如https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux所述：

使用RStan需要g++版本4.9和更高版本

这里我正在安装g++8 (您可以根据自己的意愿更改版本)：

跑

$ sudo yum install centos-release-scl
$ sudo yum install devtoolset-8-gcc*

现在，您可以在操作系统中使用替代的g++和默认的g++。

您可以启用它并检查版本：

$ scl enable devtoolset-8 bash
$ gcc --version
$ g++ --version

找到它的位置：

$ which g++
/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

接下来，您需要配置~/.R/Makevars，使用vim (或其他编辑器)将以下内容放入其中：

CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC
CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

或者使用R命令：

dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC",
    "CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++", # or clang++ but you may need a version postfix
    file = M, sep = "\n", append = TRUE)

注意:这些R命令是从https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Configuring-C-Toolchain-for-Linux复制的，但是根据上面的位置修改了CXX14标志。

现在，您可以安装rstan包了：

install.packages("rstan")

希望这能有所帮助。

PS: r用户可以使用这种方法以类似的方式修改编译器标志。

Answer 2

这就是对我有用的东西：

CXX_STD = CXX14

CXX14 = g++ -std=c++11

CXX14FLAGS = -O3 -fPIC -Wno未使用-变量-Wno未使用-函数-DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION

Answer 3

您不需要重新编译R，但至少需要g++-4.9 (或clang++-3.4)并在~/.R/Makevars配置文件中定义CXX14 = g++。此外，您通常需要CXX14FLAGS = -fPIC，最好使用CXX14FLAGS = -O3 -mtune = native -march = native -fPIC。所有这些都有一个wiki 页面。