使用奇异点2.5.2拉取的Docker容器适用于3.1.1 exec，但如果我使用3.1.1拉取失败

Question

如果我拉取一个奇点为2.5.2的docker镜像，它在3.1.1 exec上运行良好：

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_2.5.2.simg samtools view

Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
...

如果我随后使用3.1.1拉取相同的镜像并尝试运行它，我在加载共享库时遇到问题，这些库是在容器中使用的(而不是像#3027中那样通过奇点本身)：

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg samtools view
samtools: error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

在使用3.1.1拉出的容器上，我检查了指示为有问题的文件：

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg ls -l /opt/wtsi-cgp/lib/
total 8613
-rwxr-xr-x  1 root root  415532 Apr 16 10:33 libBigWig.a
-rwxr-xr-x  1 root root  240712 Apr 16 10:33 libBigWig.so
-rw-r--r--  1 root root 4950682 Apr 16 10:33 libhts.a
lrwxrwxrwx  1 root root      13 Apr 16 10:33 libhts.so -> libhts.so.1.9
-rw-r--r--  1 root root 3211128 Apr 16 10:33 libhts.so.1.9
lrwxrwxrwx  1 root root      13 Apr 16 10:33 libhts.so.2 -> libhts.so.1.9
drwxrwxr-x 63 root root    1186 Apr 16 07:31 perl5
drwxr-xr-x  2 root root      32 Apr 15 08:08 pkgconfig

当使用2.5.2拉取时，这与相同的文件夹完全匹配。

我期望使用3.1.1拉取的图像和使用3.1.1执行的图像比使用2.5.2拉取的图像运行得更好。

链接的GitHub issue

Answer 1

这已经被奇点开发人员标记为回归。虽然还没有解决，但这证实了这不是一个使用错误。