rpy2如何调用as.matrix()

Question

我使用rpy2从python调用一些R函数。R函数返回一个dist对象。如何在R代码返回的结果上从python调用as.matrix()？

import rpy2.robjects.numpy2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
Rsession = rpy2.robjects.r
tsclust = importr('TSclust')

X= np.random.random((5,5))
result = Rsession.diss( X , "ACF", p=0.05)

result属于dist类。我想要一个平方距离矩阵，我可以通过调用结果的as.matrix()来实现这个矩阵。我如何在rpy2中做到这一点？

Answer 1

这样做是有可能的：

from rpy2.robjects.packages import importr

base = importr('base')
base.as_matrix(result)

Answer 2

我想出了一个解决办法。它不漂亮，但很管用。我们定义了一个调用as.matrix的自定义函数

from rpy2.robjects.packages import STAP
mfunc = 'myasmatrix <- function(dobj){return(as.matrix(dobj))}'
myasmatrix = STAP(mfunc, "myasmatrix")

np.array(myasmatrix.myasmatrix(rres))
>>> array([[0.        , 0.0663193 , 0.01159857, 0.14378692, 0.10069314],
   [0.0663193 , 0.        , 0.06064907, 0.07965314, 0.03511945],
   [0.01159857, 0.06064907, 0.        , 0.13898505, 0.095319  ],
   [0.14378692, 0.07965314, 0.13898505, 0.        , 0.04757353],
   [0.10069314, 0.03511945, 0.095319  , 0.04757353, 0.        ]])