提取每个社区的社区节点和其他节点之间的边缘列表。

Question

假设我们有一个简单的加权网络，在其上执行某种社区检测。接下来，我们提取特定的社区，最后的任务是提取该社区的所有节点与所有其他节点之间的所有边缘。

下面我粘贴了玩具代码。

# Create toy graph
library(igraph)
set.seed(12345)
g <- make_graph("Zachary")
# Add weights to edges
E(g)$weight <- sample(x = 1:10, size = ecount(g), replace = TRUE)
# Run community detection
cl <- cluster_louvain(g)

有5个节点属于社区#1，12个节点属于社区#2，等等。

> table(membership(cl))
 1  2  3  4 
 5 12  2 15

现在我们提取社区#1：

g1 <- induced_subgraph(g, which(cl$membership == 1))

问:如何找到将社区#1中的节点与所有其他节点连接起来的边(不包括定义社区#1的边)？

下面有一个与某些社区有关的答案

首先，获取社区中的所有边缘：

all_edges <- E(g)[inc(V(g)[membership(cl) == 1])]
all_edges
+ 10/78 edges:
 [1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11 5-- 7 5--11 6-- 7 6--11 6--17 7--17

然后，过滤掉完全是内部的(两个顶点都在社区中)：

all_edges_m <- get.edges(g, all_edges) #matrix representation

all_edges[!(
 all_edges_m[, 1] %in% V(g)[membership(cl) == 1] & 
   all_edges_m[, 2] %in% V(g)[membership(cl) == 1]
 )] # filter where in col1 and col2
+ 4/78 edges:
[1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11

但对我来说，有必要为每个社区获得包含这些节点的整个列表。不仅仅是为了那个人。有什么建议来创建这个循环吗？如果是，那就太棒了:)

Answer 1

这是我对你的问题的看法：

library(igraph) 
set.seed(12345)
g <- make_graph("Zachary")
E(g)$weight <- sample(x = 1:10, size = ecount(g), replace = TRUE)
cl <- cluster_louvain(g)

将成员资格添加为顶点属性

V(g)$name <- membership(cl)

急救员

x <- as_edgelist(g, names = T)

以下是连接不同社区顶点的所有边。

V(g)$name <- 1:vcount(g)
E(g)[x[,1] != x[,2]]

可选检查

 E(g)$color <- ifelse(x[,1] != x[,2], "red", "blue")
 plot(g, edge.color = E(g)$color)
 plot(cl, g)