BWA无法定位索引基因组

Question

我知道以前有人问过这个问题。我搜索了所有的线索，没有任何东西对我有意义。诚然，我是生物信息学方面的新手，所以也许对更有经验的人来说答案是明确的。

我正在尝试使用BWA对齐读取与参考基因组，并保持废弃的读取，因为我正在寻找潜在的病原体DNA (RNA，真的)，可能已经感染了宿主。

我已经创建了一个参考基因组的索引，我认为是正确的。我有以下文件：

_genome.fa

_genome.fa.amb

_genome.fa.ann

_genome.fa.bwt

_genome.fa.pac

_genome.fa.sa

我想要对成对尾读取与该索引，并保留丢弃。该守则是：

module load swset/2018.05

module load gcc/7.3.0

module load bwa

bwa mem ~/correctpath/_genome.fa correctfilename_R1_001.fastq correctfilename_R2_001.fastq -a > sample_bwa.sam

我继续收到错误：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files

我99%确定我的文件路径正确。我可能加载了错误的BWA版本。我可能创建了错误的索引。或者也许我的bwa mem代码有什么明显的错误。

再一次，我试着阅读了其他类似的帖子，但是没有任何东西对我有意义。这可能是我的错。

有人能帮忙吗？

谢谢!

Answer 1

一个非常晚的响应，但似乎您错过了_genome.fai文件。fasta.fai是fasta索引，是映射读物所必需的。下面是更多的信息。

• https://www.biostars.org/p/98885/
• https://www.biostars.org/p/375837/

我会推荐(如果你没有或没有！)运行以下samtools命令：

samtools faidx path/to/_genome.fa

我遇到了一个类似的问题，这看起来确实解决了它。