从海上簇图中提取树状图

Question

给出了以下示例，它来自：https://python-graph-gallery.com/404-dendrogram-with-heat-map/

它生成一个树状图，其中我假设它是基于枕木。

# Libraries
import seaborn as sns
import pandas as pd
from matplotlib import pyplot as plt

# Data set
url = 'https://python-graph-gallery.com/wp-content/uploads/mtcars.csv'
df = pd.read_csv(url)
df = df.set_index('model')
del df.index.name
df

# Default plot
sns.clustermap(df)

问:如何才能得到非图形形式的树状图？

背景信息:从树状图的根开始，我想以最大的长度切割它。例如，我们有一条从根到左簇(L)的边，一条到右簇(R)的边，...from，这两条边，我想要得到它们的边长，并在这两条边中最长地切出整个树状图。

诚挚的问候

Answer 1

clustermap返回ClusterGrid对象的句柄，其中包括每个树状图、h.dendrogram_col和h.dendrogram_row的子对象。其中包括树状图本身，它提供了根据scipy.hierarchical.dendrogram返回数据的树状图几何图形，您可以从中计算特定分支的长度。

h = sns.clustermap(df)
dgram = h.dendrogram_col.dendrogram
D = np.array(dgram['dcoord'])
I = np.array(dgram['icoord'])

# then the root node will be the last entry, and the length of the L/R branches will be
yy = D[-1] 
lenL = yy[1]-yy[0]
lenR = yy[2]-yy[3]

连接矩阵(用于计算树状图的输入)也可能有助于：

h.dendrogram_col.linkage
h.dendrogram_row.linkage