SNP组合

Question

我是R程序的新手。我有一个有2029行(个体)和1129列(SNP标记)的矩阵。所有的矩阵都是1或0。我要计算每个个体的所有snps组合，如0*1=1和1*0=1，0*0=0和1*1=0。我是按剧本写的。但是可以用梳子写字吗？

示例

  x1  x2  x3  x4

i1 1 0 0 1

i2 0 1 1 0

i3 1 0 0 0

对于每个i，我应该计算x1×x2，x1×x3，x1×x4，x2×x3，x2×x4，x3×x4。每一个结果都应该像我上面写的那样，比如1×0=1等等。注意，这种情况不是多功能的。我的意思是，如果一个是0，另一个是1，那么给我放1。

好的，我的矩阵在存钱后被删除了。请想象从x1到x4的矩阵四列。从i1到i3的三行。将0和1作为随机输入。

Answer 1

如果您有这样的数据框架作为输入：

df <- data.frame( # as a minimal example
  x1 = rbinom(10,1,0.5),
  x2 = rbinom(10,1,0.5),
  x3 = rbinom(10,1,0.5),
  x4 = rbinom(10,1,0.5)
)

首先，我们得到了所有可能的SNP组合(每列1次)：

cn <- combn(colnames(df), 2)

对于每个组合，我们应用一个函数: 1.在df中选择对应于可能组合2的列"x“。对于每个个体(df中的行)，我们将两个值之和(如果0*0返回0，如果1*0或0*1返回1，如果1*1返回2)。

gn <- apply(cn, 2, function(x) {
  rowSums(df[, x]) 
})

然后，我们将2替换为0，以获得所需的输出：

gn[gn == 2] <- 0

我们最终可以用SNPs组合来命名列：

colnames(gn) <- apply(cn, 2, paste0, collapse = "*")

gn

输出

      x1*x2 x1*x3 x1*x4 x2*x3 x2*x4 x3*x4
 [1,]     0     0     0     0     0     0
 [2,]     1     0     1     1     0     1
 [3,]     1     0     1     1     0     1
 [4,]     1     1     0     0     1     1
 [5,]     1     1     1     0     0     0
 [6,]     1     0     0     1     1     0
 [7,]     0     1     1     1     1     0
 [8,]     0     0     0     0     0     0
 [9,]     1     0     0     1     1     0
[10,]     1     0     1     1     0     1