显式地使用visNetwork放置节点(或其他选项)

Question

如何显式地将nodes visNetwork 放在visNetwork图上？

或:如何使用、、或其他方法在R中重新创建该图形？

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背景:最终目标是表示来自https://en.wikipedia.org/wiki/Causal_loop_diagram文件的http://vensim.com/。显式地放置节点只是第一个(关键)步骤，因为在因果循环图中，节点的可视化映射是信息的一部分(与一般图论不同)。所以如果有人在大局上有建议的话。“把因果循环图建模到R”，我会非常高兴的。

我试过的是：

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels, stringsAsFactors = FALSE) %>% visEdges(arrows = "to")

这样的情节(由于随机种子的存在，精确的布局会改变)：

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使用来自这里的Q&A，我尝试通过设置x和y值来手动放置节点。

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"), x = c(0,1,2), y = c(0,1,2))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels, stringsAsFactors = FALSE) %>% visEdges(arrows = "to")

其中的情节：

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..and我真的不明白x，y和屏幕上的位置之间的对应是什么。

而且，我在文档 for visLayout中找不到任何东西。

Answer 1

使用ggraph而不是visNetwork可以简化事情。

library(ggraph)
library(igraph)

g <- make_graph(edges = c(1,2,2,1,1,3))
V(g)$name <- c('one', 'two', 'three')

ggraph(g, layout = 'manual', node.positions = data.frame(x = c(1,1,2), y = c(2,1,2.1))) + 
  geom_edge_arc(aes(start_cap = label_rect(node1.name),
                    end_cap = label_rect(node2.name)),
                 angle_calc = 'along',
                 label_dodge = unit(2.5, 'mm'),
                 arrow = arrow(length = unit(4, 'mm'))) + 
  geom_node_text(aes(label = name, x = x, y = y))

这个情节

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这就是我正在寻找的(除了网格线和颜色)。

Answer 2

结果发现，x和y are不起作用。这里有一个解决方案：

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

coords <- as.matrix(data.frame(x = c(0,1,2),
                               y = c(0,1,2),
                               stringsAsFactors = FALSE))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels) %>%
    visNodes() %>%
    visOptions(highlightNearest = TRUE) %>%
    visInteraction(navigationButtons = TRUE,
                   dragNodes = TRUE, dragView = TRUE,
                   zoomView = FALSE) %>%
    visEdges(arrows = 'to') %>%
    visIgraphLayout(layout = "layout.norm", layoutMatrix = coords)

关于历史，请参见这里。也许这些链接可能对您想要实现的目标有所帮助：因果效应和plot.CLD。