Windows 10环境下RStudio的环境问题

Question

多年来，我一直在密集地使用R，并认为自己在这方面相当流利(尽管无可否认，我仍然在努力处理代码中优雅的概念)。尽管如此，我现在遇到了以前从未遇到过的问题，我认为这可能与我的新机器或Windows 10本身有关。为了解释一下，我最近的工作为我提供了一台功能更强大的计算机，但那是运行Windows 10的，而不是我以前拥有的Windows 7专业版。

尽我所能，我仍然可以使用.GlobalEnv中的变量(按照函数逐行运行)，没有问题，但是如果我试图在我编写的函数中运行一个进程，我在函数中创建的一些变量就会被随机遗忘，它会给我提供(例如)错误“eval中的错误(解析(text=i))：对象'i‘inside”，即使'i’是由前面一行中的"for (i in vars)“编码的。

更重要的是，我已经测试了一些常规使用这些进程的旧函数，它们在这台机器上抛出了错误，而这些错误在我以前的机器上是不存在的。

这是Windows 10的兼容性问题吗？它是否与操作系统如何在线程间拆分R进程有关？有人知道吗？

我将提供抛出错误的代码片段。如果其他人能复制它，并告诉我他们认为错误在哪里，我将非常感激。

谢谢!

adonis.tbl <- function(dist, meta, vars){
  # where dist is a distance matrix of samples with distances based on 
  # community composition, meta is a table with metadata, 
  # and vars is a list of variables in meta, given as character strings
  # row.names in dist must match the corresponding sample names in meta, 
  # named 'SampleID' in the metadata table
  require(vegan)
  out <- data.frame()
  for (i in vars){
    ado <- adonis2(dist ~ eval(parse(text=i)),
                   data=meta[which(row.names(dist)%in%meta$SampleID),])
    out1 <- data.frame(R2=ado$R2[1], p=ado$`Pr(>F)`[1])
    out <- rbind(out, out1)
  }
  row.names(out) <- vars
  return(out)
}

此外，这里还有一些用上述函数再现错误的虚拟代码。

dat <- matrix(runif(150, 1, 1000), 15, 10, dimnames=list(letters[1:15], LETTERS[6:15]))

tree <- ape::rtree(10, tip.label=LETTERS[6:15])

dist <- GUniFrac::GUniFrac(dat, tree, 0)

bdist <- dist$unifracs[,,2]

meta <- data.frame(SampleID=letters[1:15], 
                   var1=round(runif(15, 1, 5000)), 
                   var2=round(runif(15, 1, 1000)), 
                   var3=round(runif(15, 1, 500)))

test <- adonis.tbl(bdist, meta, c("var1", "var2", "var3"))

Answer 1

我不能说为什么在没有更多工作的情况下问题就会发生，但是几乎总是有一个更健壮的解决方案-- eval(parse(...))。在本例中，reformulate()似乎有效(我从下一行删除了明显多余的which()，但这与此无关)：

ado <- adonis2(reformulate(i,response="dist"),
               data=meta[row.names(dist)%in%meta$SampleID,])

我得到了NA/NaN结果，但我假设这是因为这里的示例数据集非常简单。