Docker +R:为什么“保存”方法无效？

Question

我有一个码头文件：

FROM rocker/verse:latest
RUN apt-get update 
RUN R -e "install.packages('TraMineR', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('ggthemes', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('ggplot2', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('Rcpp'            , repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('data.table', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('randomForest', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('pROC'            , repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('stringr', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('ggplot2', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('ggthemes', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('TraMineR', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('bipartite', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('tm'            , repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('dummies', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages('xgboost', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"

RUN R -e "install.packages('SnowballC', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"

我建造它，运行它，得到一个容器。在这个容器中，我运行一个R文件并尝试保存一个对象：

NdelivIDexcessif<-15 ; 
save(NdelivIDexcessif, file="sauvegardeTest.rda")

这并没有创建任何输出，因为我期望在当前的dir上创建一个"sauvegardeTest.rda“。

我错过了什么？

Answer 1

可能是几个可能的事情之一，前两位(在我看来)是：

1. 默认情况下，Docker会在容器停止时破坏环境(例如，对文件系统的更改)。这对安全性和代码清洁度等都有好处，但如果在容器完成后必须具有文件级持久性，则必须显式设置它。 没有任何东西，就找不到文件。 根@myhost:/tmp/ltest# ll总计76 drwxr-xr-x2根4096 9月26日19:08 ./ drwxrwxrwt 35根根69632 19:08文件=‘mt.rda’)“R版本3.3.3 ( 2017 -03-06) -”另一艘独木舟“版权(C) 2017-统计计算平台R Foundation : x86_64-pc-linux-gnu (64位)R是免费软件，绝对没有任何保证。欢迎您在某些情况下重新分发。键入'license()‘或’license()‘以获取分发细节。R是一个与许多贡献者协作的项目。输入关于如何在出版物中引用R或R包的更多信息和“引文()”，输入“贡献者()”。在一些演示中输入'demo()‘，为在线帮助输入' help ()’，或者为HTML界面输入'help.start()‘来帮助。键入'q()‘退出R. >保存(mtcar，file=’mt.rda‘>)> root@myhost:/tmp/ltest# ll总计76 drwxr-xr-x2根根4096 9月26日19:08 ./ drwxrwxrwt 35根根69632 9月26日19:08 但是，如果显式设置卷或挂载点(https://docs.docker.com/storage/volumes/#choose-the--v-or---mount-flag)，则可以实现持久性。 根@myhost:/tmp/ltest# docker运行\ -v /tmp/ltest:/tmp/rtest/ \-rm -it rocker/tidyverse:3.3.3 \R -e“-e”保存(mtcar，file='/tmp/rtest/mt.rda')“R version 3.3.3 ( 2017 -03-06) --”另一独木舟“版权(C)：统计计算平台R Foundation : x86_64-pc-linux-gnu (64位)R是免费软件，并附带绝对无担保。欢迎您在某些情况下重新分发。键入'license()‘或’license()‘以获取分发细节。R是一个与许多贡献者协作的项目。输入关于如何在出版物中引用R或R包的更多信息和“引文()”，输入“贡献者()”。在一些演示中输入'demo()‘，为在线帮助输入' help ()’，或者为HTML界面输入'help.start()‘来帮助。键入'q()‘退出R. >保存(mtcar，file='/tmp/rtest/ mt.rda ') > root@franz:/tmp/ltest# ls -l总计4-rw-r-r-1根根1234 19:04 mt.rda
2. 如果您已经通过某种机制挂载它，请确保在save命令中或通过预先设置R进程的工作目录来设置路径： docker \ -v /tmp/rtest:/tmp/rtest/ \ -w /tmp/rtest/ -rm -it \ rocker/tidyverse:3.3.3 R -e“-it(mtcar，file='mt.rda')”停靠者运行\ -v /tmp/rtest:/tmp/rtest/ -tmp -ti \ rocker/tidyverse:3.3.3 R -e“save(mtcar，file=‘tmp/rtest/mt.rda’)”

请注意，容器外部和内部的目录位置是唯一的；尽管您可以使它们相同，但不需要这样做。在本例中，容器外部的真正目录是/tmp/ltest/，内部目录的名称是/tmp/rtest/。