使用rentrez和Using下载蛋白质序列

Question

我不熟悉R和闪亮。到目前为止，我已经能够制作一个脚本，该脚本可以使用rentrez包从ncbi中获取蛋白质序列。然而，我无法使它在一个闪亮的应用程序中工作。

我在ui中有以下输入

 sidebarPanel(
                    uiOutput("maps.protein.input")
                  ),

在应用程序文件中：

output$maps.protein.input <- renderUI({
selectInput("prot.accession", "Accession:", as.list(pep.accession))

此部分工作良好，并将pep.accession列表读取到selectInput中。

现在，我想使用rentrez下载蛋白质序列。

protein_seq <- reactive({

                    raw_seq <- entrez_fetch(db="protein", id= paste(input$prot.accession), rettype = "fasta")
                    raw_seq <- str_sub(raw_seq, start = str_locate(pattern = "\n", protein_seq)[,1] +1 )
                    str_replace_all(raw_seq, "[\r\n]" , "")

 }) 

在一个R脚本中，我使用：

protein_seq <- entrez_fetch(db="protein", id="XP_011524437.1", rettype = "fasta")
protein_seq <- str_sub(protein_seq, start = str_locate(pattern = "\n", protein_seq)[,1] +1 )
protein_seq <- str_replace_all(protein_seq, "[\r\n]" , "")

这个密码起作用了。我只想让它具有交互性。

Answer 1

这里有个解决办法。我在selectInput中使用了selectInput，因为我不知道pep.accession是什么。你可以在你的应用程序中改变它。我还更正了str_sub中的逻辑，并添加了一个req()语句。

library(shiny)
library(rentrez)

ui <- fluidPage(
  sidebarPanel(
    uiOutput("maps.protein.input")
  ),
  mainPanel(
    textOutput("result1")
  )
)

server <- function(input, output, session) {
  output$maps.protein.input <- renderUI({
    selectInput("prot.accession", "Accession:", "XP_011524437.1")
  })

  protein_seq <- reactive({
    req(input$prot.accession)
    raw_seq <- entrez_fetch(db = "protein", id = input$prot.accession, rettype = "fasta")
    raw_seq <- stringr::str_sub(raw_seq, start = str_locate(pattern = "\n", raw_seq)[,1] +1 )
    stringr::str_replace_all(raw_seq, "[\r\n]" , "")
    return(raw_seq)
  })

  output$result1 <- renderText({
    paste0("Protein sequence: ", as.character(protein_seq()))
  })
}

shinyApp(ui, server)