R hclust:多棵树的公共秩序

Question

我在用hclust做树。我在一个公共集合上定义了几个距离。我想找出，尽可能接近，为每一段距离，没有任何交叉边缘的情节的一个共同的顺序。例如，在本例中，我希望两棵树的左边都有1到5叶。

x<-seq(1,10)
y<-c(1.3,2.4,3.6,4.9,5.2,6.9,7.9,8.7,9.6,10.1)
X<-hclust(dist(x))
Y<-hclust(dist(y))
par(mfrow=c(2,1))
plot(X)
plot(Y)

一般来说，如果存在这样的顺序，是否有一个算法来找到这个顺序？或者，至少为接近其他距离的每一段距离找到一个顺序？我知道这可以通过使用顺序或排序的树状图来完成，但我认为这些树的信息量较小。

图谋

树状图

Answer 1

您可以使用来自sort库的dendextend函数：

library(dendextend)

x<-seq(1,10)
y<-c(1.3,2.4,3.6,4.9,5.2,6.9,7.9,8.7,9.6,10.1)
X<-hclust(dist(x)) %>% as.dendrogram %>% sort %>% as.hclust
Y<-hclust(dist(y)) %>% as.dendrogram %>% sort %>% as.hclust
par(mfrow=c(2,1))
plot( X )
plot( Y )

该函数只是尝试按每一叶的索引对图进行排序。