在clValid中使用cutree.default(clusterObj，nc)中的错误:函数树只适用于hclust/树状图/phylo对象

Question

使用Brock等人的默认数据集，2008年

install.packages("clValid", dependencies = TRUE)
library(clValid)
data("mouse")
express <- mouse[, c("M1", "M2", "M3", "NC1", "NC2", "NC3")]
rownames(express) <- mouse$ID
intern <- clValid(express, 2:6, clMethods = c("hierarchical", "kmeans", "diana", "fanny", 
"som", "pam", "sota", "clara", "model"), validation = "internal")

并得到以下信息：

Cutree.default中的错误(clusterObj，nc)： 函数树只适用于hclust/树状图/phylo对象。

Answer 1

这个问题似乎来自这样一个事实:一旦加载了包stats::cutree，dendextend::cutree就会屏蔽它，而dendextend::cutree并不适用于使用cluster包的某些函数(如diana和agnes )生成的对象(而stats::cutree工作得很好)。

编辑：这个问题是在dendextend 1.9.0中观察到的，但是包作者在错误报告之后很快就修复了这个问题。新版本1.10.0对cluster和来自CRAN的clValid版本都非常好。它可以通过：devtools::install_github("talgalili/dendextend")安装。

这是目前最好的解决办法。我只在这里为档案馆提供了下面的初步答案。

一些测试代码(没有dendextend就一切正常，但是加载dendextend会触发错误消息)：

# detach(package:dendextend)
# library(dendextend)
# 
library(cluster)
d <- iris[,-5]
cl <- diana(dist(d))
cutree(cl, 3)
cl <- agnes(dist(d))
cutree(cl, 3)

library(clValid)
intern <- clValid(d, 2:10,
                  clMethods = c("hierarchical", "kmeans", "diana", "fanny",
                                "model", "pam", "agnes"),
                  method = "ward", validation = "internal")

可悲的是，clValid似乎成了孤儿，所以不可能要求开发人员更改代码(或者我错了吗?)

解决办法：

• 不要同时使用dendextend和clValid
• 不要在agnes和diana的clMethods参数中使用clValid
• 我已经分叉了clValid github存储库(来自CRAN)，并对代码进行了必要的小修改。您可以使用devtools::install_github("GillesSanMartin/clValid")安装此版本。当加载dendextend时，它也适用于我。