从需要使用R进行身份验证的OpenDap服务器获取数据

Question

我试图使用R和OPeNDAP包从ncdf4服务器获取数据。然而，nasa eosdis服务器需要用户名/密码。如何使用R传递这些信息？

以下是我要做的事：

require(ncdf4)
f1 <- nc_open('https://disc2.gesdisc.eosdis.nasa.gov/opendap/TRMM_L3/TRMM_3B42.7/2018/020/3B42.20180120.15.7.HDF')

以及错误消息：

Rsx_nc4_get_vara_double: NetCDF中的错误:授权失败语法错误，意外的WORD_WORD，期望SCAN_ATTR或SCAN_DATASET或SCAN_ERROR上下文: HTTP^ Basic:访问被拒绝。Var: nlat Ndims: 1 开始:0计数:ncvar_get_inner中的400个错误(d$dimvarid$group_id，d$dimvarid，default_missval_ncdf4()，：C函数R_nc4_get_vara_double返回错误

我试过url https://username:password@disc2..。但这也不起作用。

Answer 1

丹尼尔，

您正在访问的服务使用第三方重定向对用户进行身份验证。因此，在URL中提供凭据的简单方法不起作用。

您需要创建2个文件。

1. 具有以下内容的.dodsrc文件( netcdf-c库的RC文件) HTTP.COOKIEFILE=.cookies HTTP.NETRC=.netrc
2. 带有凭据的.netrc文件，位于.dodsrc中引用的位置： 机器urs.earthdata.nasa.gov 登录YOURUSERNAMEHERE 密码YOURPASWORDHERE

您可以在auth.html上找到更多详细信息

问候

安东尼奥

Answer 2

不幸的是，即使在定义了凭据及其位置之后

ncdf4::nc_open("https://gpm1.gesdisc.eosdis.nasa.gov/opendap/GPM_L3/GPM_3IMERGDE.06/2020/08/3B-DAY-E.MS.MRG.3IMERG.20200814-S000000-E235959.V06.nc4")

仍在返回

Rsx_nc4_get_vara_double中的错误: NetCDF:授权失败

在从终端使用ncdump时也会发生相同的情况：

$ ncdump https://gpm1.gesdisc.eosdis.nasa.gov/opendap/GPM_L3/GPM_3IMERGDE.06/2020/08/3B-DAY-E.MS.MRG.3IMERG.20200814-S000000-E235959.V06.nc4

返回

语法错误，意外的WORD_WORD，期望SCAN_ATTR或SCAN_DATASET或SCAN_ERROR上下文: HTTP^ Basic:访问被拒绝。授权失败位置:文件/build/netcdf-KQb2aQ/netcdf-4.6.0/ncdump/vardata.c；第473行