reactiveFileReader在为.RData增光

Question

在一个闪亮的应用程序中，我当前的工作流程是作为cron作业定期运行R脚本，以便从多个数据库中提取各种表，并从一些API中下载数据。然后将这些文件保存为一个名为.Rdata的文件夹中的data文件。

在我的global.R文件中，我使用load("data/workingdata.Rdata")加载数据。这将导致将所有数据(大约30)加载到环境中。我知道我可以使用reactiveFileReader()函数刷新数据，但是显然它必须在server.R文件中使用，因为它与函数有关联的会话。此外，我也不确定load是否被接受为reactiveFileReader()中的readFunc。在这种情况下，最好的策略应该是什么？

Answer 1

此示例使用reactiveVal对象和observe和invalidateLater。数据被加载到一个新的环境中，并每2秒分配给reactiveVal。

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  actionButton("generate", "Click to generate an Rdata file"),
  tableOutput("table")
)

server <- shinyServer(function(input, output, session) {

  ## Use reactiveVal with observe/invalidateLater to load Rdata
  data <- reactiveVal(value = NULL)
  observe({
    invalidateLater(2000, session)
    n <- new.env()
    print("load data")
    env <- load("workingdata.Rdata", envir = n)
    data(n[[names(n)]])
  })


  ## Click the button to generate a new random data frame and write to file
  observeEvent(input$generate, {
    sample_dataframe <- iris[sample(1:nrow(iris), 10, F),]
    save(sample_dataframe, file="workingdata.Rdata")
    rm(sample_dataframe)
  })

  ## Table output
  output$table <- renderTable({
    req(data())
    data()
  })
})


shinyApp(ui = ui, server = server)

Answer 2

关于您的工作流程的一些想法：

最后，使用RData方法，您将设置与数据库/API并行的另一个数据源。

在处理文件时，总是会有一些管理开销(例如，您的.RData文件在读取它时是否完成？)在我看来，这(部分)就是DBMS的目的--负责家务管理。它们中的大多数都有复杂的解决方案，以确保您快速获得所查询的内容；那么，为什么要重新发明轮子呢？

与使用reactiveFileReader()函数连续创建reactiveFileReader文件和轮询数据不同，可以使用reactivePoll直接查询DB中的更改，(参见使用sqlite的示例this )。如果您的查询运行时间很长(我猜这是工作流的原因)，您可以在将来包装它们，然后异步运行它们，(请参阅此post以获得一些灵感)。或者，许多DBMS提供类似于物化视图的功能，以避免过长的等待时间(根据假定的用户权限)。

当然，所有这些都是基于假设，因为我不知道你的生态系统，但根据我的经验，减少接口意味着减少错误的来源。

Answer 3

您可以在server.R的顶部使用load("data/workingdata.Rdata")，然后，每当任何人启动新的闪亮会话时，数据都将是最新的。可能的不利因素是：

• 如果同时写入数据，则可能会出现问题，同时，一个新的闪亮会话正在加载数据。
• 如果在新数据可用之前和之后打开会话，则数据将失效。

我想第一个可能的问题不会产生到足以成为一个问题。第二个可能的问题更有可能发生，但除非你处于超级危急的情况下，否则我看不出这是一个足以让人担心的实质性问题。

这对你有用吗？