在蟒蛇上安装rdkit和deepchem

Question

我对如何安装rdkit和deepchem感到困惑。在这里，我列出了我遇到的问题，并感谢你的帮助。

rdkit:经过几次试验，我终于发现rdkit只能在python2上使用。根据他们网站上的建议，我安装了rdkit：

$ conda create -n rdkit -c rmg rdkit
$ source activate rdkit 

在从终端窗口调用时，我确保成功地安装了rdkit，因为我获得了正确的版本：

>>> rdkit.__version__
'2016.03.4'

但是，当我打开jupyet笔记本并导入rdkit时，我得到了错误：

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-6b72bd8913ab> in <module>()
----> 1 import rdkit

ImportError: No module named rdkit

深层化学:然后我继续安装，但由于对rdkit的依赖，我无法安装深层化学。

Answer 1

以下是一些建议：

• 尝试使用单行DeepChem安装命令conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.3.0。这将为您自动在相同的环境中安装rdkit。
• 如果您的环境和rdkit有问题，我建议您使用Google。这将允许您在无需处理本地安装问题( https://forum.deepchem.io/t/getting-deepchem-running-in-colab/81 )的情况下进行试验。

Answer 2

问题是，您并没有真正使用conda环境来运行jupyter笔记本。要验证这种情况，请在终端窗口中运行，并在jupyter笔记本中插入以下代码：

import sys
print(sys.path)

在我的例子中，我运行了python脚本，得到了终端窗口

''，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python310.zip'，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10'，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10/lib-dynload'，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10/site-packages‘

脚本运行./script.py

'/home/sputnik‘、'/usr/lib/python38.zip’、'/usr/lib/python3.8‘、'/usr/lib/python3.8/lib-dynload’、‘/usr/local/lib/python3.8/dist’、‘/usr/lib/python3/dist’

在我的例子中，解决方案是显式地运行调用python的脚本。

python ./script.py

对于木星笔记本，您需要确保它在正确的环境中运行。您可以使用此包来帮助：

pip install environment_kernels

并从以下网站获得更多信息：

http://stuartmumford.uk/blog/jupyter-notebook-and-conda.html