在R中安装“生物工具”

Question

我想从包"biotools“中使用R中的BoxM()函数。但是，我得到以下错误：

Loading required package: rpanel
Loading required package: tcltk
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
Error in structure(.External(.C_dotTcl, ...), class = "tclObj") : 
[tcl] can't find package BWidget.

In addition: Warning message:
running command ''/usr/bin/otool' -L '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/tcltk/libs//tcltk.so'' had status 1 
Error: package or namespace load failed for ‘rpanel’:
unable to load R code in package ‘rpanel’
Error: package ‘rpanel’ could not be loaded

会有什么问题？我已经搜索过了，但是我没有找到解决方案(我知道我应该做什么.)。

Thx

Answer 1

我知道这是个老问题，但我昨天也遇到了同样的问题，我花了几个小时才解决。所以我想把它放在这里以防有人需要它！下面是在、RStudio 1.1.423和R3.6.0中工作的说明。

为了安装rpanel，BWidget应该安装在/usr/local/lib中

1. 从：https://sourceforge.net/projects/tcllib/files/BWidget/下载该文件
2. 解压缩目录/usr/local/lib中的tar文件

另外，gfortran在安装的某个时候也是必需的(对于classInt，对于SpatialEpi是必需的，它是biotools所必需的)。转到终端(在应用程序/实用程序/终端中)：

curl -OL http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

现在我们可以开始在R Studio中安装软件包了：

install.packages("rpanel", dependencies = TRUE)
install.packages("Rcpp", dependencies = TRUE)
install.packages("classInt", dependencies = TRUE)
install.packages("SpatialEpi", dependencies = TRUE)
install.packages("biotools", dependencies = TRUE)

生物工具包应该像这样成功地安装。您甚至可能不需要在此之前安装包，因为依赖项被设置为TRUE，但这正是它对我的工作方式。我的系统有Mac XCode的开发工具，并通过终端安装了开发工具：

xcode-select --install

资料来源：

1. BWidget：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2006-October/003301.html
2. 对于gfortran (需要更改为-OL而不仅仅是-O)：OS X package installation depends on gfortran-4.8