无法导入安装在新Conda环境中的包。

Question

我正试图在HPC服务器上创建自己的conda环境，而且正在发生一些非常奇怪的事情。

问题

在创建了一个新的conda环境之后，python似乎没有在这个环境中看到自己，并且使用基本环境.因此，我不能使用安装在新环境中的软件包，但我可以看到基本环境中的包.

，这是我做的，

我安装我的环境如下：

$ conda create -n niml pip python=3.6.5
$ source activate niml
(niml) $ conda install -c conda-forge luigi

然后我检查我安装的软件包：

(niml) $ conda list

这就是我所得到的非常基本的环境

# Name                    Version                   Build  Channel
botocore                  1.10.61                    py_0    conda-forge
ca-certificates           2018.4.16                     0    conda-forge
certifi                   2018.4.16                py36_0    conda-forge
docutils                  0.14                     py36_0    conda-forge
jmespath                  0.9.3                      py_1    conda-forge
libedit                   3.1.20170329         h6b74fdf_2
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
lockfile                  0.12.2                     py_1    conda-forge
luigi                     2.7.6                    py36_0    conda-forge
ncurses                   6.1                  hf484d3e_0
openssl                   1.0.2o                        0    conda-forge
pip                       10.0.1                   py36_0
pyparsing                 2.2.0                      py_1    conda-forge
python                    3.6.5                hc3d631a_2
python-daemon             2.1.2                    py36_0
python-dateutil           2.7.3                      py_0    conda-forge
readline                  7.0                  ha6073c6_4
setuptools                39.2.0                   py36_0
six                       1.11.0                   py36_1    conda-forge
sqlite                    3.24.0               h84994c4_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
tornado                   4.5.3                    py36_0    conda-forge
wheel                     0.31.1                   py36_0
xz                        5.2.4                h14c3975_4
zlib                      1.2.11               ha838bed_2

然后，我尝试运行python并导入我安装的luigi包，但是它找不到它，从而导致以下错误。

(niml) $ python

>>> import luigi
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'

我还尝试导入numpy，它位于基本环境中，而不是在新环境中，并且可以工作。

>>> import numpy

上面的工作原理，这意味着python认为它在基本环境中运行。

我自己的环境中的Python正在运行

我检查了正在执行的python，它确实是在新环境niml中执行的。

>>> import sys
>>> sys.executable

'~/.conda/envs/niml/bin/python'

也是从命令行中选中的，它是环境中的python可执行文件：

(niml) $ which python

~/.conda/envs/niml/bin/python

I运行在HPC上

我以前已经创造了数百次anaconda环境，从来没有遇到过这个问题。唯一的区别是，我使用的是HPC服务器，因此我不得不这样做：

module load python/anaconda3

这是我看到的唯一区别，我通常的工作流程可能造成这个问题.

其他人以前见过这个问题并能解决吗？？

Answer 1

我试图解决一个类似的问题，并通过virtualenv而不是使用conda环境来解决这个问题。我相信，Anaconda和您的机器之间存在着冲突，因为它们都认为自己正在控制您的新环境，而在虚拟环境中建立一个新的环境似乎是可以解决的。

如果有用的话，下面是如何使用virtualenv设置环境。如果您还没有新环境，请为其创建一个位置：

mkdir ~/virtualenvironment

设置虚拟环境：

virtualenv ~/virtualenvironment/niml/ --python=python3.6.5

激活你的环境：

source bin/activate

确保您已经安装了所需的任何软件包：

pip install luigi

检查包是否在python中正确导入：

python
import luigi

停用：

source deactivate

Answer 2

我遇到了同样的问题，但后来我发现，我的错误是由于污染的环境变量。我在修窗户。

要解决这个问题，在运行"conda activate ***"之前，请确保没有设置/修改以下变量：

• PYTHONPATH变量；应删除此变量
• 用于windows系统的路径变量；此变量不应包含任何python相关路径。
• 用于windows用户的路径变量；此变量不应包含任何python相关路径。

然后，我的导入错误就修复了。