‘`bookdown`’/‘`rmarkdown`’/‘编织品’：非代码顺序处理方法？

Question

以编程方式，我的bookdown项目进行如下：

1. 读取原始数据-产生各种统计数据。
2. 数据预处理(对数化、归一化、归一化)--产生各种地块，以监测所发生的人口层次缺陷.
3. PCA用于分析QC -为PCA和负载绘制地块.主要数据点.
4. 差异表达分析-产生火山图样和图形特征突出的差异表达的特点。
5. 在各种生物本体系统中，对差异表达特征的过度表示分析--为丰富的类别生成示例条形图。

我使用bookdown很好地集成了分析和叙述，能够高效地丢弃临时(相当大的)数据集/ggplot2对象(转换前后的数据等等)。

然而:目标观众大多/只对4. & 5.感兴趣，这将我引向以下结构：

4. 5.附录(1.、2.、3.)

除了预计算1.-5之外，还有其他方法吗？然后按照目标顺序重新访问--如果可能的话，我更希望避免在内存中积累所有的ggplot2对象。

Answer 1

你可以这样做：

1. 将步骤1-3和4-5拆分为两个特定的*.Rmd文件，比如123.Rmd和45.Rmd。
2. 将代码块添加到45.md的开头，该代码块将123.Rmd连接到123.md

```{r knit123, include = FALSE} knitr::knit("123.Rmd", output = "123.md") ```

这将在Markdown中生成步骤1-3的输出，并将由此创建的所有对象都提供给步骤4-5。

1. 在45.Rmd的末尾添加一个代码块，该代码块读取123.md打印其内容：

```{r include123, results = "asis"} cat(readLines("123.md"), sep = "\n") ```

results = "asis"将阻止任何进一步的处理，因为它已经是有效的标记。

1. 将45.Rmd编织成您想要的任何目标格式。

编辑(1)

TL;DR：不是在整个步骤4-5中将步骤1-3中的对象存储在内存中，而是先打印它们并将结果存储在磁盘上。

编辑(2):

既然您已经明确地提到了预订:如果有一个YAML选项在编织过程结束时包含一个Markdown文件(类似于include-after: 123.md)，我不会感到惊讶；但是我不知道从头顶开始是否确定，我懒得自己去查找它。;-)