如何在Anaconda中安装SageMath内核？

Question

我试图在Anaconda 3中使用Sage，但是看起来库不是导入的。

我首先创建了一个新的环境'ipykernel_py2‘，然后安装了Python2，在这里中解释了这一点。有了这个，我就可以在Anaconda 3中启动和运行Python 3和Python 3。

然后我转到内核的文件夹，创建了(C:\Users\YOUR_USERNAME\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\ipykernel_py2\share\jupyter\kernels)并粘贴了Sage的内核(摘自C:\Program \SageMath 8.2\runtime\opt\sagemath-8.2\local\share\jupyter\kernels). )这允许在木星中创建新的SageMath文件，但是内核已经死了。为了激活内核，我使用了Anaconda提示符并输入：

activate ipykernel_py2
python -m ipykernel install --user --name sagemath --display-name "SageMath 8.2"

所以内核现在被激活了，我可以创建和运行Sage文件。然而，图书馆仍然无法工作。看起来，该文件运行起来就像一个普通的Python 2文件。

有人知道怎么解决这个问题吗？我需要创建一个独立的环境吗？

Answer 1

Sage for Windows运行在名为Cygwin的UNIX仿真环境中。查看它包含的sagemath/kernel.json：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["/opt/sagemath-8.2/local/bin/sage", "--python", "-m", "sage.repl.ipython_kernel", "-f", "{connection_file}"]}

您可以在这里看到它有一个sage可执行文件的UNIX风格的路径。这条路径只对在Sage的Cygwin环境下运行的其他程序有意义，对本机Windows程序来说也是毫无意义的。简单地将其转换为等效的Windows路径也是行不通的，因为bin/sage实际上是一个shell脚本。至少，您需要向Cygwin附带的bash提供一个Windows，并将该路径传递给sage可执行文件(与上面的路径相同)。如果没有登录shell，所需的大多数环境变量也不会被设置，因此您可能需要bash -l。

所以，就像：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["C:\\Program Files\\SageMath 8.2\\runtime\\bin\\bash.exe", "-l", "/opt/sagemath-8.2/local/bin/sage", "--python", "-m", "sage.repl.ipython_kernel", "-f", "{connection_file}"]}

可能有用。我不确定的一件事是，{connection_file}参数是否也会被正确地处理。我还没试过呢。

更新:确实，上面的部分工作，但是有一些问题:作为文件的绝对路径传递的{connection_file}参数。虽然Cygwin通常可以透明地从Windows路径转换到相应的UNIX路径，但是已知问题上的os.path模块不能很好地处理Windows样式的路径，这就导致了问题。

我遇到的另一个主要问题是，驱动通用木星内核的类IPKernelApp有一个线程，该线程轮询内核的父进程(在本例中是笔记本服务器)是否已退出，因此，如果父进程关闭，它可以适当地关闭。这是内核知道如何在您关闭笔记本服务器时自动关闭。

根据平台--Windows与UNIX--的不同，这是非常不同的。因为Sage的内核运行在Cygwin中，所以它选择了类似UNIX的poller。但是，如果笔记本服务器碰巧是一个本地Windows进程，这是错误的，就像在Windows本机木星中运行Sage内核时一样。值得注意的是，用于Windows的父计票器可以在Cygwin上工作得很好，因为它通过ctypes访问Windows。因此，可以通过向IPKernelApp提供一个强制使用ParentPollerWindows的包装器来解决这个问题。

然后，一个可能的解决方案如下所示:从SageMath Shell中执行：

$ cd "$SAGE_LOCAL"
$ mkdir -p ./share/jupyter/kernels/sagemath
$ cd ./share/jupyter/kernels/sagemath
$ cat <<_EOF_ > kernel-wrapper.sh
#!/bin/sh
here="$(dirname "$0")"
connection_file="$(cygpath -u -a "$1")"
exec /opt/sagemath-8.2/local/bin/sage --python "${here}/kernel-wrapper.py" -f "${connection_file}"
_EOF_
$ cat <<_EOF_ > kernel-wrapper.py
from ipykernel.kernelapp import IPKernelApp as OrigIPKernelApp
from ipykernel.parentpoller import ParentPollerWindows
from sage.repl.ipython_kernel.kernel import SageKernel


class IPKernelApp(OrigIPKernelApp):
    """
    Although this kernel runs under Cygwin, its parent is a native Windows
    process, so we force use of the ParentPollerWindows.
    """

    def init_poller(self):
        if self.interrupt or self.parent_handle:
            self.poller = ParentPollerWindows(self.interrupt,
                                              self.parent_handle)


IPKernelApp.launch_instance(kernel_class=SageKernel)
_EOF_

现在编辑kernel.json (在它在share\jupyter\kernels\sagemath下的现有位置)如下：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["C:\\Program Files\\SageMath 8.2\\runtime\\bin\\bash.exe", "-l", "/opt/sagemath-8.2/local/share/jupyter/kernels/sagemath/kernel-wrapper.sh", "{connection_file}"]}

它运行kernel-wrapper.sh，而后者又运行kernel-wrapper.py。(为了完全摆脱对kernel-wrapper.sh的需求，我可以做一些简化，但是在SageMath 8.3中，这会更容易一些，其中包括PyCygwin。)

确保将Sage安装的每个"8.2“更改为适当的"X.Y”版本。

更新:由于用户的反馈，进行了一些更新，但我还没有测试这些更改，所以请确保我的指令中的每个文件/目录路径都存在并且看起来是正确的，而不是盲目地复制/粘贴。

正如您所看到的，这并不是微不足道的，而且从设计上来说，这是不可能的。但这是可以做到的。内核一旦启动并运行，就只需要通过TCP/IP套接字与其对话，因此之后就不会有太多的魔法了。我相信在木星和智者方面都可以做一些小小的改进，这将有助于将来的这类事情.