具有特定R阶的稀疏矩阵中列的排序

Question

我有一个很大的稀疏矩阵m，其中行是基因，列是条形码，所以我想按特定的顺序对列进行排序。

> m = matrix(c(2,3,3,1,0,7), nrow=2, ncol=3)
> dimnames(m) = list(c("gene1", "gene2"), c("A-1", "B-1", "C-2"))
> m
      A-1 B-1 C-2
gene1   2   3   0
gene2   3   1   7
> 

我有另一个数据帧，其中第一列按排序顺序包含所有条形码。

> colnames(df) <- c('Barcode', "Cluster")
> df
  Barcode Cluster
1     B-1       9
2     C-2       1
3     A-1       14
> 

我如何排序稀疏矩阵m，使我得到这个？

> m
      B-1 C-2 A-1
gene1   3   0   2
gene2   1   7   3

Answer 1

假设df$Barcode是“字符”类，您可以执行以下操作：

M <- m，df$条码

这适用于您的示例：

M <- m，c("B-1"，"C-2"，"A-1")

> m
      B-1 C-2 A-1
gene1   3   0   2
gene2   1   7   3