如何在MATLAB中保存SPMD过程中的中间迭代？

Question

我正在试验MATLAB的SPDM。不过，我有以下问题要解决：

• 我正在运行一个相当长的算法，我想保存沿途的进展，以防电源被切断，有人拔出电源插头或内存错误。
• 循环有144个迭代，每个迭代大约需要30分钟才能完成=> 72h。在这段时间内可能会出现很多问题。当然，我的机器上有一个分布式计算工具箱。这台计算机有4个物理核心。我运行MATLAB R2016a。
• 我真的不想使用parfor循环，因为我连接结果，并且跨迭代具有依赖性。我认为SPMD是我想做的最好的选择。

我将尽可能地描述我想要的内容：--我希望能够在循环的一组迭代中保存到目前为止的结果，并且希望通过worker.保存结果。

下面是一个最小(非)-Working示例。最后四行应该放在不同的.m文件中。这个函数在parfor循环中调用，允许保存中间迭代。它在我使用的其他例程中正常工作。该错误位于第45行(output_save)。不知何故，我想“将”复合对象“拉”成“常规”对象(单元格/结构)。

我的预感是，我不太明白复合对象是如何工作的，尤其是它们如何被保存到“常规”对象(单元格、结构等)中。

% SPMD MWE

% Clear necessary things
clear output output2 output_temp iter kk


% Useful thing that will be used later on
Rorder=perms(1:4);

% Stem of the file to save the data to
stem='MWE_MATLAB_spmd';

% Create empty cells where the results of the kk loop will be stored
output1{1,1}=[];
output2{1,2}=[];

% Start the parpool
poolobj=gcp;

% Define which worker/lab will do which iteration
iterperworker=ceil(size(Rorder,1)/poolobj.NumWorkers);
for i=1:poolobj.NumWorkers
    if i<poolobj.NumWorkers
        itertodo{1,i}=1+(iterperworker)*(i-1):iterperworker*i;
    else
        itertodo{1,i}=1+(iterperworker)*(i-1):size(Rorder,1);
    end
end

%Start the spmd
% try
    spmd
        iter=1;
        for kk=itertodo{1,labindex}
            % Print which iteration is done at the moment
            fprintf('\n');
            fprintf('Ordering %d/%d \r',kk,size(Rorder,1));

            for j=1:size(Rorder,2)
            output_temp(1,j)=Rorder(kk,j).^j; % just to populate a structure
            end
            output.output1{1,1}=cat(2,output.output1{1,1},output_temp);  % Concatenate the results
            output.output2{1,2}=cat(2,output.output1{1,2},0.5*output_temp);  % Concatenate the results

            labindex_save=labindex;

            if mod(iter,2)==0
                output2.output=output; % manually put output in a structure
                dosave(stem,labindex_save,output2); % Calls the function that allows me to save in parallel computing
                end
                iter=iter+1;
            end
        end
    % catch me
    % end


    % Function to paste in another m-file
    % function dosave(stem,i,vars)
    %     save(sprintf([stem '%d.mat'],i),'-struct','vars')
    % end

Answer 1

Composite只在spmd块之外创建。特别是，您在spmd块中定义的变量作为该块之外的Composite存在。当在spmd块中使用相同的变量时，它将被转换回原始值。就像这样：

spmd
    x = labindex;
end
isa(x, 'Composite') % true
spmd
    isa(x, 'Composite') % false
    isequal(x, labindex) % true
end

因此，您不应该使用output索引来转换{:} --它不是Composite。我觉得你应该能用

dosave(stem, labindex, output);