在使用fitdist()时，从fitdistrplus包中禁止错误消息

Question

我正在使用来自fitdistrplus包的某些函数作为我正在创建的包的一部分。

当函数运行时，我试图阻止任何错误消息在控制台中显示，而是希望将错误消息记录在我正在创建的错误日志中。

在大多数情况下，使用tryCatch()使我能够做到这一点。

但是对于fitdist()函数，即使消息被写入错误日志(意味着tryCatch()表达式正在运行)，我也不能阻止在控制台中打印的错误消息。

我在下面的代码中复制了我的问题。

library(fitdistrplus)

file.create("error_log.txt")

func_desc<-function(x){
  tryCatch({
    descdist(data = x)
  },error = function(e){
    write(x = paste(Sys.time(),"Error in func_desc :",e$message,sep = " "),file = "error_log.txt",append = T,sep = "\n")
  })
}

func_fit<-function(x,dist){
  tryCatch({
    fitdist(data = x,distr = dist)
  },error = function(e){
    write(x = paste(Sys.time(),"Error in func_fit :",e$message,sep = " "),file = "error_log.txt",append = T,sep = "\n")
  })
}

# Creating a vector of repeated values which will result in an error
test<-rep(x = 1,times = 10)

func_desc(x = test)
# Results in an error and the message is written to the error log and not printed in the console

func_fit(x = test,dist = "beta")
# Results in an error and the message is both written to the error log and printed in the console

我想禁止func_fit()打印这条错误消息。

我已经尝试过以下几种选择：

1. try()和silent = TRUE。错误信息仍然会被打印出来。
2. conditionMessage()给出了同样的结果。
3. 有些帖子和线程建议使用withCallingHandlers()，但我不知道如何正确地实现它。
4. 使用带有函数的invisible()仍然会打印错误。

Answer 1

这是因为fitdist (或者实际上是fitdist调用的mledist )已经在执行一些错误捕获操作。原始错误在optim中并已被捕获，然后mledist将错误消息打印到控制台。因此，您所看到的并不是真正的错误，甚至不是警告，而是带有捕获错误信息内容的打印语句。

执行此操作的mledist部分是：

    if (inherits(opttryerror, "try-error")) {
        warnings("The function optim encountered an error and stopped.")
        if (getOption("show.error.messages")) 
            print(attr(opttryerror, "condition"))
        return(list(estimate = rep(NA, length(vstart)), convergence = 100, 
            loglik = NA, hessian = NA, optim.function = opt.fun, 
            fix.arg = fix.arg, optim.method = meth, fix.arg.fun = fix.arg.fun, 
            counts = c(NA, NA)))
    }

这并不是很好的实践，正是因为它导致了您现在的问题；它阻止了其他人系统地处理错误。

从该代码中可以看到，可以通过将show.error.messages选项设置为FALSE来关闭此选项：

options(show.error.messages = FALSE)

但是您需要小心，因为在R会话的其余部分，您不会看到任何错误消息。你肯定不想在别人的会议上这么做。

另一种选择是使用sink("extra-error-messages.txt")将所有打印发送到控制台某个位置(甚至可能发送到您的error_log.txt，但我不确定这是否会导致写入多个内容时出现问题)。