关于centos的j浏览的替代方案

Question

是否有可供选择的JBrowse软件(on Centos6)？

我需要将其中一个集成到我的网页中，但是j浏览在安装PerlIO::gzip时出现了zlib错误。尽管所有相关模块(libpng、libpng-devel、gd-devel、zlib-devel、perl-ExtUtils-MakeMaker、Development Tools、perl-Compress-Zlib)都已安装。

任何建议都会有帮助。windows8操作系统的另一种选择也将有效。

Answer 1

请注意，这里有一个JBrowse问题的邮件列表交叉链接，这里是https://sourceforge.net/p/gmod/mailman/message/36349221/

JBrowse的替代品可以包括igv.js、pileup.js、基因组视图或其他HTML5基因组浏览器。

还请注意，如果我们的立场是Perl先决条件实际上是不可能在您的系统上安装的，那么我们可以采取另一种方法，因为JBrowse实际上并不需要为操作安装Perl先决条件。现代JBrowse可以加载本机文件格式，而无需使用Perl脚本进行转换。

在本例中，您可以简单地创建文件目录，如

data/genome.fa
data/genome.fa.fai
data/tracks.conf
data/annotations.sorted.gff.gz
data/annotations.sorted.gff.gz.tbi

其中genome.fa.fai由samtools faidx genome.fa生成，annotations.sorted.gff.gz由sort -k1,1 -k4,4n annotations.gff > annotations.sorted.gff生成，然后由bgzip annotations.sorted.gff.gz生成，最后由tabix -p vcf annotations.sorted.gff.gz生成

然后tracks.conf文件可以包含

[GENERAL]
refSeqs=genome.fa.fai

[tracks.refseq]
urlTemplate=genome.fa
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
type=Sequence
[tracks.annotations]
urlTemplate=annotations.sorted.gz
type=CanvasFeatures
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/GFF3Tabix

从这个意义上说，您的浏览器可以在没有perl先决条件的情况下完全创建。