fisher.test中的错误: fexact3中的错误，它[i=6]=0:负键(kyy=91)

Question

我有这张桌子，我想对它进行统计分析。

table(sci$category, sci$true_group)


                 mono sim_rus_nen suc_balanced suc_nen_rus suc_rus_nen
  generalization    9           3            9           4           3
  description      35          16           15          13          17
  scheme            2           1            1           1           2
  syncretism        5           3            7          16           2
  tautology         2           2            2           3           3
  substitution      1           0            0           0           0
  indefinite        7           5            5           6           9
  no_answer        30          17           18          13          19

所以我决定用费舍尔的精确测试。但是我有这个错误(虽然chiq.square没有问题)

fisher.test(table(sci$category, sci$true_group))

fisher.test(my_tab)中的错误: fexact3中的错误，iti=6=0:负键-1099365618 (kyy=91)

我怎么才能解决这个问题？

Answer 1

对于更大的应急表/计数，它得到资源密集型，计算出所有最坏的情况才能到达p值(似乎就是那个错误)。

因此，可以方便地模拟大于(2x2)的表的p值：

df <- table(sci$category, sci$true_group)

fisher.test(df, simulate.p.value = TRUE, B = 1e6)

Fisher's Exact Test for Count Data with simulated p-value (based on 1e+06 replicates)
data:  df
p-value = 0.1054
alternative hypothesis: two.sided

PS:在Fishers精确测试与Chisq测试之间的选择是另一种讨论.为了清晰起见，我建议您查看这个经过交叉验证的帖子：Alternatives to chisq-test