使用R创建两个副本的均值的日志散点图。

Question

我有一些RNA seq数据两种不同的细胞类型(朴素和Th1)。

如何为每个基因(分组变量)找到每种细胞类型的两个副本的平均值，然后绘制这些数据的日志散点图？。

我的桌子是这样的：

df <- data.frame(Gene_name=c("Mrpl15", "Lypla1", "Tcea1"),
                 naive_A=c(5.21212, 6.62643, 5.74654),
                 naive_B=c(4.52376, 5.64459, 4.52153),
                 Th1_A=c(15.50650, 14.46030, 11.57770),
                 Th1_B=c(5.876490, 5.193010, 2.107200), stringsAsFactors=F)
df

  Gene_name naive_A naive_B   Th1_A   Th1_B
1    Mrpl15 5.21212 4.52376 15.5065 5.87649
2    Lypla1 6.62643 5.64459 14.4603 5.19301
3     Tcea1 5.74654 4.52153 11.5777 2.10720

如果有人能帮忙，我会非常感激的！谢谢

Answer 1

你可以做这样的事

df %>%
    gather(sample, expr, -Gene_name) %>%
    mutate(condition = gsub("_\\w$", "", sample)) %>%
    group_by(Gene_name, condition) %>%
    summarise(expr.mean = mean(expr)) %>%
    spread(condition, expr.mean) %>%
    ggplot(aes(x = log10(naive), y = log10(Th1), label = Gene_name)) +
    geom_point() +
    geom_text()

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​

说明:从宽到长的数据，提取一个condition列和每种情况下每个基因的平均表达值。然后从长到宽重新塑造数据，并绘制出从naive到Th1的对数10转换的平均表达量和每个基因的平均表达量。

我只是为了说明而添加了基因标签。您可以通过删除+ geom_text()来删除它们。

样本数据

df <- read.table(text =
    "Gene_name   naive_A  naive_B    Th1_A    Th1_B
1    Mrpl15  5.21212 4.52376 15.50650 5.876490
2    Lypla1  6.62643 5.64459 14.46030 5.193010
3    Tcea1  5.74654 4.52153 11.57770 2.107200", header = T)