使用Rcpp将对象文件链接到函数的简化示例

Question

我有现有的C代码，它由三个文件组成:头文件( ".h“文件)、库文件( ".o”文件)和源文件。它们目前在UNIX下运行，并在Matlab中作为编译的"mex文件“运行。我想用Rcpp将它们移植到R。它们都是长而复杂的，所以我做了一个最小的例子来帮助我理解如何将它们移植到R。

简化的头文件(my_header.h)是：

typedef unsigned int    ui4;
ui4  add_one( ui4 );

简化的“库”文件(my_lib.cpp)是：

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>

#include "my_header.h"

ui4 add_one(ui4 x) {
        return(x+1);
}

简化函数程序(my_program.cpp)是：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
#include <time.h>
#include <Rcpp.h>
#include <cmath>

#include "my_header.h"

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
ui4 my_program_r () {
//int main (int argc, const char * argv[]) {
//
// As a MATLAB mex file, this function calls "main(..."
//
  ui4 value = add_one( (ui4)1 );
  printf( "%d", value );
  return value;
}

在终端(我在Mac上)，我可以编译这些内容，而不会出错：

$ g++ my_lib.cpp -c -o my_lib.o
$ g++ my_program.cpp -o my_program my_lib.o

当我试图在RStudio中编译它们时，我得到：

> library(Rcpp)
> sourceCpp( "my_program.cpp" )
Warning message:
In sourceCpp("my_program.cpp") :
  No Rcpp::export attributes or RCPP_MODULE declarations found in source
> 

为什么没有在Rcpp下编译呢？如何在".o“命令中指定链接文件( "sourceCpp”库文件)？我需要指定头文件吗？

Answer 1

sourceCpp命令仅用于单个文件。如果您有多个文件，则必须使用一个包：

• 调用Rcpp::Rcpp.package.skeleton(...)创建一个框架包。
• 将*.h、*.c和*.cpp复制到src文件夹。
• 打给Rcpp::compileAtrributes()。
• 使用R CMD build ...、R CMD check ...和R CMD INSTALL ...构建、检查和编译包。( check会抱怨没有文档的函数.)

有关更多细节，请参见Rcpp-包 vignette，例如这个问题。顺便说一句，由于R没有unsigned int类型，所以我不确定您的返回值是否有效。您可能必须切换到int或double。我还得到了与您不同的错误消息：

dyn.load("/tmp/RtmpSbvXHx/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-0.12.17/sourcecpp_625ad24a943/sourceCpp_2.so")中的错误:无法加载共享对象'/tmp/RtmpSbvXHx/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-0.12.17/sourcecpp_625ad24a943/sourceCpp_2.so'：/tmp/RtmpSbvXHx/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-0.12.17/sourcecpp_625ad24a943/sourceCpp_2.so:未定义符号：_Z7add_onej

您确定上面的代码正是您所使用的吗？