使用bib2gls和rmarkdown无法呈现术语表

Question

我希望在我的rmarkdown文档中使用bib2gls latex包来插入一个.bib文件中的缩略词列表，当我编织到一个pdf文档时。

不工作：

使用.bib文件存储我的缩略语。示例：

abbreviations.bib文件：

@abbreviation{ecoli, 
short={E.~coli},
long={Escherichia coli}
}


@abbreviation{raustralis ,
short ={R.~ australis},
long={Rickettsia australis}
}

preamble.tex

% fixes problem with glossaries causing mathspec
% to return an error asking for amsmath to be loaded first    
\makeatletter 
\let\RequirePackage\original@RequirePackage
\let\usepackage\RequirePackage
\makeatother

% using bib2gls
\usepackage[record,abbreviations,style=index]{glossaries-extra}
\setabbreviationstyle{long-short}
\GlsXtrLoadResources[src={abbreviations},selection={all}]

rmarkdown文件：

---
output: 
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
    includes:
      in_header: preamble.tex
title: "mwe"

---

## R Markdown

This is the first instance \gls{ecoli}, \gls{raustralis}. This is the second instance: \gls{ecoli}, \gls{raustralis}.

\printunsrtglossary[title={Abbreviations},type=abbreviations]

当我编织重排文档时的输出如下：

​

什么起作用：

删除\GlsXtrLoadResources[src={abbreviations},selection={all}]并将我的条目添加到序言中。

% using bib2gls
\usepackage[abbreviations,style=index]{glossaries-extra}
\setabbreviationstyle{long-short}
\newabbreviation{ecoli}{E.~coli}{Escherichia coli}
\newabbreviation{raustralis}{R.~australis}{Rickettsia australis}

​

​

如果可能的话，我想在第一种方法中使用单独的.bib文件。除非在R中有更好的方法来做到这一点，否则会话信息如下：

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252  

Answer 1

问题是bib2gls需要运行一个额外的程序，该程序从bib文件中提取术语表条目，但是rmarkdown不知道这一点。一般来说，如果您想在LaTeX方面做一些更复杂的事情，那么很可能latexmk已经知道如何这样做了。我不确定情况是否如此，c.f。https://tex.stackexchange.com/questions/400325/latexmkrc-for-bib2gls。但是，您可以尝试使用

```{r echo=FALSE}

Sys.setenv(RSTUDIO_PDFLATEX = "latexmk")