为r包编写“配置”文件

Question

我正在编写一个r包，它为libSBML C 图书馆提供了一个包装器。

我使用rcppgsl 套餐作为引用，它查找GNU科学图书馆GSL的头文件和库文件的位置，并使用这些信息编写configure脚本以及Makevars和Makevars.in。我目前并不是在为Windows构建。在我的机器(macOS)上，libsbml (SBML库)安装在通常的位置，即

头文件位于- /usr/local/include/sbml。

以及- /usr/local/lib的库文件。实际上，如果在包Makevars文件中使用以下内容，则可以构建套餐。

CXX=clang++
PKG_CPPFLAGS= -I/usr/local/include
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) /usr/local/lib/libsbml-static.a

但是，我想了解如何使用configure脚本查找库并使用这些信息构建包。configure.ac的相关部分来自rcppgsl

## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([GSL_CONFIG], [gsl-config])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${GSL_CONFIG}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    GSL_CFLAGS=`${GSL_CONFIG} --cflags`
    GSL_LIBS=`${GSL_CONFIG} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([gsl-config not found, is GSL installed?])
fi

我在相关位置用LIB_SBML替换了LIB_SBML，即我正在使用的整个configure.ac文件粘贴在下面(最后)。

但是，我没有看到生成configure、Makevars和Makevars.in (我在rcppgsl中看到了这一点)。这里的任何帮助都是非常感谢的！

为了完成，ls -l | grep sbml的输出(在usr/local/include中)是

drwxrwxr-x   58 root      admin    1856 Aug  1  2016 sbml

ls -l | grep sbml (在usr/local/lib中)是

-rw-r--r--   1 root      wheel   7970584 Aug  2  2016 libsbml-static.a
-rwxr-xr-x   1 arcadmin  staff  10453624 Nov 25  2014 libsbml.5.11.0.dylib
-rwxr-xr-x   1 root      wheel   3813572 Aug  2  2016 libsbml.5.13.0.dylib
lrwxr-xr-x   1 root      wheel        20 Aug  1  2016 libsbml.5.dylib -> libsbml.5.13.0.dylib
-rw-r--r--   1 root      wheel  13907656 Feb 26  2015 libsbml.a
lrwxr-xr-x   1 arcadmin  staff        15 Mar 27  2015 libsbml.dylib -> libsbml.5.dylib
-rwxr-xr-x   1 root      wheel       828 Feb 26  2015 libsbml.la
-rwxrwxr-x   1 root      admin  13362732 Nov 25  2014 libsbmlj.jnilib

我的configure.ac文件--

## Process this file with autoconf to produce a configure script.
##
## Configure.ac for RcppSBML
##
## Copyright (C) 2010         Romain Francois and Dirk Eddelbuettel
## Copyright (C) 2014 - 2015  Dirk Eddelbuettel
##
## Licensed under GNU GPL 2 or later

# The version set here will propagate to other files from here
AC_INIT([Rcppsbml], 0.1.0)

# Checks for common programs using default macros
AC_PROG_CC

## Use gsl-config to find arguments for compiler and linker flags
##
## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([LIB_SBML], [libsbml])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${LIB_SBML}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    SBML_CFLAGS=`${LIB_SBML} --cflags`
    SBML_LIBS=`${LIB_SBML} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([libsbml not found, is SBML installed?])
fi

# Now substitute these variables in src/Makevars.in to create src/Makevars
AC_SUBST(LIB_SBML)
AC_SUBST(LIB_SBML)

AC_OUTPUT(src/Makevars)

Answer 1

这里是一个最小的设置：

删除src/Makevars并创建包含内容的src/Makevars.in

PKG_CPPFLAGS= @SBML_INCLUDE@
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) @SBML_LIBS@

我不设置CXX，因为您不能在src/Makevars，c.f中更改它。包生成忽略Makevars标志。

创建一个最小的configure.ac文件：

AC_INIT([Rcppsbml], 0.1.0)

AC_LANG(C++)
AC_REQUIRE_CPP
AC_PROG_CXX

# default values
AC_SUBST([SMBL_INCLUDE], "-I/usr/local/include")
AC_SUBST([SMBL_LIBS], "/usr/local/lib/libsbml-static.a")

# allow for override
AC_ARG_WITH([smbl],
            AC_HELP_STRING([--with-smbl=PREFIX],
                           [path to where smbl is installed]),
            [
             SMBL_INCLUDE="-I${with_smbl}/include"
             SMBL_LIBS="${with_smbl}/lib/libsbml-static.a"
            ],
            [])

# create and report output
AC_CONFIG_FILES([src/Makevars])
AC_OUTPUT
echo
echo "Final src/Makevars"
cat src/Makevars

调用autoconf从您的configure.ac模板创建一个configure文件。您可能需要使用./configure和./configure --with-smbl=/some/path检查脚本。

打电话

R CMD build ...
R CMD check [--install-args=--configure-args=--with-smbl=/some/path] ...
R CMD INSTALL [--configure-args=--with-smbl=/some/path]...

若要构建、检查和安装软件包，请执行以下操作。

可能的延期：

• 允许在静态和动态链接之间切换。
• 检查SMBL是否处于指定位置的可用状态。

我在这里看到三个问题：

• 从configure生成configure.ac不是自动的。你得打电话给autoconf。
• 类似地，Makevars.in不是由系统生成的。您必须将其作为由Makevars生成configure的模板提供。
• GSL附带了gsl-config，其他库使用了通用的pkg-config。如果库不支持这一点，则可以使用更传统的方法使用默认位置或--with-...参数提供的位置。例如，在我使用的RcppArrayFire中： AC_SUBST(AF_INCLUDE，"") AC_SUBST(AF_LIBS，"-laf") AS_IF(测试-e "${with_arrayfire}"，AF_INCLUDE="-I${with_arrayfire}/include ${AF_INCLUDE}“AF_LIBS="-L${with_arrayfire}/lib ${/lib}/lib，，${en19 20#}”) 如果以--with-arrayfire=/relevant/path的形式提供目录，则搜索适当的子目录以查找标头和动态库。