R，depmixS4包中转移矩阵的求取

Question

我通过使用depmix$包中的depmix()和fit()构造了一个2状态HMM，并得到了一个depmix.fitted对象，它通过使用汇总()向我显示了转换概率矩阵。是否有可能提取转移概率矩阵并将其保存为向量？摘要(模型，其中=“过渡”)不起作用.

我找到的可能最简单的解决方案如下：

{a<-(depmix.fitted class)@transition[[1]]@parameters$coefficients
b<-(depmix.fitted class)@transition[[2]]@parameters$coefficients 

transmat<-matrix(data= c(a,b), ncol = 2, byrow = TRUE) #combine transition probabilities to the transition probabilities matrix }

Answer 1

您可以获得转移概率矩阵，并使用函数getpars()将其保存为向量。

getpars(depmix.fitted)[3:6]

Answer 2

实际上有个电话要得到后验概率。例如，这是我运行的代码

  hmm <- depmix(returns ~ 1, family = gaussian(), nstates = 2, data=data.frame(returns=returns))
  hmmfit <- fit(hmm)
  post_probs <- posterior(hmmfit)

Answer 3

将您的建议与Irina的建议结合起来，并将其扩展到多个状态，您可以使用以下方法(忽略第一行来创建数据框架)：

df_test<-setNames(data.frame(rnorm(100,mean=rnorm(1),sd=runif(1))),"returns")
numk<-5
for (i in 1:numk-1){
  df_test<-rbind(df_test,setNames(data.frame(rnorm(100,mean=rnorm(1),sd=runif(1))),
                                  "returns"))
}
hmm <- depmix(returns ~ 1, family = gaussian(), nstates = numk, data=df_test)
hmmfit <- fit(hmm)
trmat<-matrix(getpars(hmmfit)[(nstates(hmmfit)+1):(nstates(hmmfit)^2+nstates(hmmfit))],
              byrow=TRUE,nrow=nstates(hmmfit),ncol=nstates(hmmfit))