利用Nipype码头图像CommandNotFound建立奇点配方

Question

我有以下奇异容器配方：

#!/bin/bash

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

%labels
  Version v1.0

%post
  # Install nano
  apt-get update
  apt-get install nano

  # Set up Python environment
  CONDA_ENV=/opt/conda/bin
  export PATH=$CONDA_ENV:$PATH
  chmod -R 777 $CONDA_ENV

  # Activate conda environment
  conda activate neuro
  conda install seaborn
  pip install pybids

我使用奇点构建容器，如下所示：

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依赖项和大多数构建的安装都是正常的，直到我碰到了source not found错误。为了重申这个问题和我尝试过的：

• 我正在从菜谱中建立一个Nipype图像。在%post中，我想在"neuro“conda环境中安装两个额外的软件包(海运包和pybids包)。
• 但是，当我试图激活%post (“源激活神经”)内的神经环境时，我一直收到一条错误消息，表示找不到命令"source“。
• 我想使用bash运行%post中的命令，但不确定在哪里指定它。

Answer 1

问题归结为你激活环境的方式。通常，你会：

source /opt/conda/bin/activate neuro

但是，如果奇点容器post是在shell (sh)环境中构建的，那么您将无法找到source命令。相反，你想做的是：

. /opt/conda/bin/activate neuro

然后你就不需要对$PATH大惊小怪了。您也不需要在文件的顶部指定解释器。所以整个菜谱看起来应该是：

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

# This is the adjusted (fixed) build recipe for the issue above.
# sudo singularity build swist Singularity.swist

%labels
    Version v1.0

%environment
    . /opt/conda/bin/activate neuro

%post
    # Install nano
    apt-get update && apt-get install -y nano

    # Install into conda environment
    . /opt/conda/bin/activate neuro &&
    /opt/conda/bin/conda install --name neuro -y seaborn &&
    /opt/conda/envs/neuro/bin/pip install pybids

然后使用如下：

sudo singularity build swist Singularity.swist

singularity/swist_fmri_image>   . /opt/conda/bin/activate neuro

(neuro) Singularity swist:~/swist-> python
Python 3.6.5 | packaged by conda-forge | (default, Apr  6 2018, 13:39:56) 
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import seaborn
>>> import bids
>>>

我把整个记录都放在了要旨里

有用的调试技巧

这里有一些有用的调试技巧！我理解上面的方法是做一个构建，用conda注释掉触发错误的最后一行。然后我可以构建一个可写的沙箱：

sudo singularity build --sandbox swist-box Singularity.swist

然后用可写的外壳。这将允许我做出改变和测试。

sudo singularity shell --writable swist-box
$ whoami
root

由于容器将具有可写性，这意味着更改将持续存在，因此您可以退出根用户，然后在用户空间中进行编辑，以测试您的根更改是否确实解决了问题！

singularity shell swist-box
$ whoami
neuro

然后，当你认为一切都好时，删除图像并从头开始构建并进行测试。

rm -rf swist-box swist
sudo singularity build swist Singularity.swist