如何使用AllenSDK获得单元格所属的群集？

Question

在“鼠标视觉皮层的细胞分类”页面“探索数据”一节上，最上面的一行显示了鼠标视觉皮层单元的集群名称列表：

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问题:给定小鼠视觉皮层细胞的样本ID (如 505808144)，如何找到该细胞所属的集群名称？

我能够通过AllenSDK get_cell(id)方法获取单元元数据，但是返回的元数据似乎不包含集群的名称。

Answer 1

问得好。

细胞类型数据库包含两组数据集--只有转录的大组细胞(见http://celltypes.brain-map.org/download)和一组具有电生理学功能的细胞，其中一些具有形态学(http://celltypes.brain-map.org/data)。有关在这些研究中使用的实验概述和方法的详细信息可作为文档部分(http://help.brain-map.org/display/celltypes/Documentation)中的白皮书提供。

在你的问题中的例子细胞有电生理学和形态学，但没有转录，所以它本质上不属于一个转录簇。

AllenSDK目前支持下载用于电生理学-形态学细胞的元数据，但不支持仅用于转录的细胞.您可以将这些单元格作为CSV文件下载元数据。如果您希望能够从AllenSDK访问转录元数据而不是平面CSV文件，请在AllenSDK问题跟踪器(https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues)上创建一个问题。

好消息--几天后，我们将对你在这里看到的大部分数据(http://celltypes.brain-map.org/data)发布集群作业，包括鼠标视觉皮层数据集。对于某些数据集，这将包括更多的单元格。您将能够以CSV文件的形式下载这些数据，包括集群分配和元数据。

请注意，在单元类型数据库中可以获得的小鼠视觉皮层数据与细胞分类学案例研究中的数据是不同的单元格集(和分析方法)。

谢谢你的提问！