无法用rPython导入包

Question

我在mac OS上安装了mac OS，并试图使用rPython在r markdown文件中使用它，如下所示：

http://blog.schochastics.net/post/using-umap-in-r-with-rpython/#fn1

但是当我运行以下代码时：

```{r}

-函数(x，n_neighbors=10，min_dist=0.1，metric=“欧几里得”){

X <- as.matrix(x)

colnames(x) <- NULL

rPython::python.exec( c( "def umap(数据，n，mdist，度量))：“，

          "\timport umap" ,

          "\timport numpy",

          "\tembedding = umap.UMAP(n_neighbors=n,min_dist=mdist,metric=metric).fit_transform(data)",

          "\tres = embedding.tolist()",

          "\treturn res"))

res <- rPython::python.call( "umap"，x，n_neighbors，min_dist，度量)

do.call("rbind"，res)

}

数据(虹膜)

res <- umap(虹膜，1:4)

我知道错误：

python.exec(python.command)中的错误:没有名为umap的模块

因此，显然Rstudio没有看到umap。我检查了包是否由conda list安装。

umap-learn                0.2.3                    py36_0    conda-forge

我怎么才能解决这个问题？

更新

python的版本是错误的，所以我添加了.Rprofile并使它指向正确的版本，但是错误仍然存在。

system("python --version")
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

更新

更详细的错误(堆栈跟踪)：

 Error in python.exec(python.command) : No module named umap
 4.stop(ret$error.desc)
 3.python.exec(python.command)
 2.rPython::python.call("umap", x, n_neighbors, min_dist, metric)
 1.umap(iris[, 1:4])

Answer 1

您需要确保umap对R中使用的相同的Python可用，默认情况下，这将不是您的Anaconda安装。

您可以使用system("python --version")检查您的Python，如果需要，可以在cmd行上执行pip install umap或pip3 install umap等操作(使用当前可用的Python；或者可以将Python路径switch到Anaconda )。