如何放大基因图谱？

Question

我正在做基因序列分析，我有一个基因组，我为这个基因组绘制了基因和它们的蛋白质，但是这个图很忙，当我把我的R标记标记出来的时候，它被切断了。不知道从哪里开始如何调整这一点，任何帮助都将不胜感激。这是它的代码：

library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(devtools)
install_github("wilkox/gggenes")
library(gggenes)
gene_prediction <-read.csv('~/genome1table.csv', header=TRUE, sep=',')
gene_names<-c(gene_prediction$Gene)
starts <- c(gene_prediction$Start)
ends<-c(gene_prediction$End)
strand<-c(gene_prediction$Strand)
genome_name<-rep('Genome',62)

dfgenome1map<-data.frame(genome_name=genome_name, name=gene_names, start=starts, end=ends, category=category, strand=strand)

dfgenome1map$direction<- ifelse(dfgenome1map$strand == "+", 1, -1)

ggplot(dfgenome1map, aes(xmin=start, xmax=end, y='', 
           fill=category, 
           label=gene_names, forward= direction)) + 
  geom_gene_arrow() +
  geom_gene_label(align = "center") +
  labs(x='locus (bp)', fill='VOG category')+
  theme_genes() + 
  scale_color_continuous() +
  theme(axis.title.y = element_blank(),
    axis.title.x=element_text())

这在我的R标记中看起来是这样的，但是蛋白质的关键应该更大：

​

Answer 1

你把大块贴在这里了吗？

您可以使用以下方法调整绘图大小：

opts_chunk$set(fig.width = 15, fig.height = 15)

15是一个高价值的例子。在RStudio的最后一个版本中，右上角有块选项。

输出文件是什么？HTML/docx/pdf？

还可以在启动.Rmd ( YAML)时指定选项：

---
title: "xxx"
output:
  html_document:
    fig_width: 15
    fig_height: 15
    fig_caption: true
---