通过将空列表赋值为"DNA_Sequence“来修正错误

Question

因此，这个问题是Python-script, which should translate 1000 DNA-Sequences to proteins by 1152 different codontables, don't work上一篇文章的延续。从那时起，我用PyCharm编辑了脚本，现在这个脚本具有这样的外观：

import yaml
file = open('/home/ihor/Документи/біоінформатика/DNA_Sequence72 - Копія.py', 'r')
DNA = file.read()
DNA_Sequences = DNA.split(',')
Genetic_Codes = open('/home/ihor/Документи/біоінформатика/Genetic_Codes.py', 'r')
Genetic_Codes = Genetic_Codes.read()
Genetic_Codes_list = Genetic_Codes.split('\n')
for row in range(1152): #for str in list[Genetic_Codes_list] in range(1152):
    Alternative_Genetic_Codes = Genetic_Codes_list.pop(0)
    for line in range(1000):
        dna = DNA_Sequences.pop(0)
        codontable = yaml.load(Alternative_Genetic_Codes)
        codontable_sequence = ""
        for i in range(0, len(dna)-(3 + len(dna) % 3), 3):
            if codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence) == "_":
                break
            codontable_sequence += codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence)
        print(list([codontable_sequence]))

现在这个脚本只有一个错误：

IndexError:从空列表中弹出

在对调试器中的变量进行研究之后，我看到了行DNA_Sequences = DNA.split(',')中的变量DNA_Sequences = DNA.split(',')被赋值为'empty list‘。我的脚本只将1000个DNA序列的字符串列表转换为蛋白质，只有一个codontable (字典)，但我想要的是，这个脚本在一次运行中将1000个DNA序列的字符串列表转换为1152个不同的共义表。我读了很多关于这个错误，列表等的教程和其他资料，但是我没有找到任何解决我的问题的方法。所有其他变量都是完全正常的。如何用空列表修复此错误？我会非常感谢你的帮助。

Answer 1

pop从数组中删除项，因此外部循环的第一次迭代将创建一个空数组。解决方案是按索引访问数组项，而不删除它们：

for line in range(1000):
    dna = DNA_Sequences[line]

Answer 2

你的代码毫无意义。但是，答案是检查元素是否为空，如果是空的话。

for row in range(1152): #for str in list[Genetic_Codes_list] in range(1152):
    Alternative_Genetic_Codes = Genetic_Codes_list.pop(0)
    for line in range(1000):
        if len(DNA_Sequences) == 0:
            pass
        else:
            dna = DNA_Sequences.pop(0)
            codontable = yaml.load(Alternative_Genetic_Codes)
            codontable_sequence = ""
            for i in range(0, len(dna)-(3 + len(dna) % 3), 3):
                if codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence) == "_":
                    break
                codontable_sequence += codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence)
            print(list([codontable_sequence]))

您确实应该使用biopython或类似的。