在jags /rjag/ runjags中裁剪mcmc.list

Question

我把R中runjags模型的输出作为mcmc.list。下面是生成3条1,000个样本链的代码。我想把所有的12条链都剪到最后的400个样品上。我可以拆开链子，把链表输出的矩阵保存在一个列表中，但是它不再是一个mcmc.list，我也想不出如何把它变成一个mcmc.list。

下面是运行runjags模型并将输出转换为mcmc.list的一些数据

y <- rnorm(100)

jags.model ="
model {
#model
for (i in 1:N){
      y[i] ~ dnorm(y.hat[i], tau) 
  y.hat[i] <- m0
}

#priors
m0 ~ dnorm(0, .0001)
tau <- pow(sigma, -2)
sigma ~ dunif(0, 100)
}
"

jags.data <- list(y = y, N = length(y))
jags.out <- runjags::run.jags(jags.model,
                              data = jags.data,
                              n.chains = 3,
                              adapt = 100,
                              burnin = 100,
                              sample = 1000,
                              monitor = c('m0'))
z <- coda::as.mcmc.list(jags.out)

Answer 1

最简单的方法是使用窗口：

z2 <- window(z, start=601, end=1000, thin=1)
summary(z2)

另请参阅：

?window.mcmc.list

或者，您可以使用as.mcmc和as.mcmc.list将(截断的)矩阵列表转换回mcmc.list对象：

library('coda')
z3 <- as.mcmc.list(lapply(z, function(x) as.mcmc(x[601:1000,])))
summary(z3)

但如果我是你我会坚持用窗户！

哑光