{：任务1失败中的错误--使用ncvar_get (ncdf4包)在foreach循环中使用“C调用返回的错误”

Question

我正在尝试从.nc文件中提取数据。因为我的文件中有7个变量，所以我想使用foreach循环ncvar_get函数。

这是我的代码：

 # EXTRACTING CLIMATE DATA FROM NETCDF4 FILE

library(dplyr)
library(data.table)
library(lubridate)
library(ncdf4)
library(parallel)
library(foreach)
library(doParallel)

# SET WORKING DIRECTORY
setwd('/storage/hpc/data/htnb4d/RIPS/UW_climate_data/')

# SETTING UP
cores <- detectCores()
cl <- makeCluster(cores) 
registerDoParallel(cl)

# READING INPUT FILE
infile <- nc_open("force_SERC_8th.1979_2016.nc")
vars <- attributes(infile$var)$names
climvars <- vars[1:7]

# EXTRACTING INFORMATION OF STUDY DOMAIN:
tab <- read.csv('SDGridArea.csv', header = T)
point <- sort(unique(tab$PointID)) #6013 points in the study area

# EXTRACTING DATA (P, TMAX, TMIN, LW, SW AND RH):
clusterEvalQ(cl, {
  library(ncdf4)
})
clusterExport(cl, c('infile','climvars','point'))
foreach(i = climvars) %dopar% {
   climvar <- ncvar_get(infile, varid = i) # all data points 13650 points
   dim <- dim(climvar)
   climMX <- aperm(climvar,c(3,2,1))
   dim(climMX) <- c(dim[3],dim[1]*dim[2])
   climdt <- data.frame(climMX[,point]) #getting 6013 points in the study area
   write.table(climdt,paste0('SD',i,'daily.csv'), sep = ',', row.names = F)
}
stopCluster(cl)

错误是：

Error in { : task 1 failed - "error returned from C call"
Calls: %dopar% -> <Anonymous>
Execution halted

你能解释一下这段代码有什么问题吗？我认为这与集群无法从文件中获取哪个变量有关，因为‘从C调用返回的错误’通常来自ncvar_get变量参数。

Answer 1

在我的MacBook Pro (OSX10.12.5)上运行类似的R脚本时，我也遇到了同样的问题(相同的错误消息)。问题似乎在于，来自foreach循环的不同工作人员试图同时使用ncvar_get访问同一个ncvar_get文件。这可以通过在foreach循环之外使用ncvar_get (将所有数据存储在一个大数组中)并从foreach循环中访问该数组来解决。

Answer 2

在最近买来的一台机器上，我也遇到了同样的问题。但是，相同的代码在我的主服务器上运行良好。

不同之处在于，在我的服务器上，我构建了启用并行访问的netCDF库(这需要用一些MPI编译器编译的HDF5 )。

我怀疑这个特性可以防止OP的错误发生。

编辑

为了使NetCDF具有paralel /O，首先需要使用以下参数构建HDF5：

./configure --prefix=/opt/software CC=/usr/bin/mpicc CXX=/usr/bin/mpicxx FC=/usr/bin/mpifort

然后，在构建NetCDF C和Fortran库时，还可以启用带有并行I/O的测试，以确保所有工作正常：

./configure -prefix=/opt/software --enable-parallel-tests CC=/usr/bin/mpicc CXX=/usr/bin/mpicxx (C版)

./configure --prefix=/opt/software --enable-parallel-tests CC=/usr/bin/mpicc FC=/usr/bin/mpifort F77=/usr/bin/mpifort (Fortran版本)

当然，要做到这一点，您需要在计算机上安装某种MPI库(MPICH，OpenMPI)。