R:用xtabs创建对称矩阵

Question

我有三种型号: M1，M2和M3。我把模型成对比较，得到一个分数。我只做单向比较。M1和M2，但不是M2和M1，因为他也一样。我想把它们转换成一个对称矩阵。

我能够使用xtabs将数据集转换成矩阵，但它没有M1-M1和M3-M3距离。

d <- data.frame(M1 = c("M1", "M1", "M1", "M2", "M2", "M3"),
            M2 = c("M2", "M3", "M4", "M3", "M4", "M4"),
            C = c(1, 1, 4, 2, 2, 6))

dm = xtabs(C~M1+M2, data=d)


> d
  M1 M2 C
1 M1 M2 1
2 M1 M3 1
3 M1 M4 4
4 M2 M3 2
5 M2 M4 2
6 M3 M4 6
> dm
    M2
M1   M2 M3 M4
  M1  1  1  4
  M2  0  2  2
  M3  0  0  6

我试着将上三角复制到下三角，但它不能正常工作，因为它不是对称矩阵。我想知道如何包含M1-M1和M3-M3距离，并使它成为一个对称矩阵。即使距离为0，但当我试图将矩阵转换为dist()对象时，会不会出现问题呢？

> dm[lower.tri(dm)] <- t(dm)[lower.tri(dm)]
> dm
    M2
M1   M2 M3 M4
  M1  1  1  4
  M2  1  2  2
  M3  4  2  6

Answer 1

要获得对称矩阵，您可能需要在每个维度上设置相同的级别(M1到M4)：

这样做的一种方法是将变量设置为具有相同因素级别集的因素。

d[c("M1", "M2")] <- lapply(d[c("M1", "M2")], factor, levels=unique(unlist(d[c("M1", "M2")]))) 

然后，您可以像以前一样使用xtabs，并将结果添加到结果的转置中。

dm <- xtabs(C ~ M1 + M2, data=d)

dm + t(dm)

#    M2
#M1   M1 M2 M3 M4
#  M1  0  1  1  4
#  M2  1  0  2  2
#  M3  1  2  0  6
#  M4  4  2  6  0

Answer 2

加上它的转置。给对角线两次相减。

dm + t(dm) - diag(diag(dm))

给予：

    M2
M1   M2 M3 M4
  M1  1  1  4
  M2  1  2  2
  M3  4  2  6

如果我们知道所有元素都是非负的，那么这也是可行的：

pmax(dm, t(dm))