ape包-打印生成树

Question

我使用R中的ape包来生成系统发育树。我想打印出生成的树以png格式，以便我可以管道的图像到一个网站。我似乎找不到打印生成树的命令(如果可能的话)。如有一些建议/见解，将不胜感激。

Answer 1

听起来像是在寻找树的绘图方法(类为“phylo”的对象)，例如：

library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()

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?plot.phylo提供了关于您可以定制绘图的许多选项的信息。

有更多的绘图选项，例如从系统图软件包的微缩体

可以使用统计绘图函数plot.dendrogram从树状图对象生成出版物质量的树，还可以在增强树状图的包(如圆圈)中提供广泛的绘图功能(Z. Gu等)。(2014年)和密度(Galili，2015年)。后者还提供了将树状图转换为“ggdend”对象的便利，在ggplot2 (Wickham，2009年)和ggplot2 (DeVries和Ripley，2016)包中提供了许多强大的“图形语法”绘图功能。此外，ape包中的“phylo”对象有几种高级绘图选项(E.Paradis、Claude和Strimmer 2004)，可通过Newick导入/导出函数read.dendrogram和write.dendrogram访问这里的树状图对象。