使用tableHWE在R中的SNPassoc包中使用非显着性HWE选择snps

Question

我正在使用SNPassoc包运行GWAS分析。我想分两个步骤进行分析: 1.测试所有snps，以确定它们是否处于hardy平衡(HWE)；2.对被发现在HWE中的snps进行关联测试(使用Bonfirroni校正来纠正错误发现)。

为了进行这些分析，我尝试使用R中的SNPassoc包。使用这个包，首先使用函数setupSNP转换数据：

在本例中，假设列1是一些范畴因变量，2-10是具有三个级别(AA、AB、BB)的myData<-setupSNP(data=SNPs,colSNPs=1:10,sep="")。

一旦数据采用这种格式，就可以使用以下函数测试所有snps的HWE：

res<-tableHWE(myData)

产生以下双值，其中标志<-指向为<=.05的p值

        HWE (p value) flag
rs001        0.6211                      
rs002        0.8866                        
rs003        0.8210            
rs004        0.8474            
rs005        0.8364            
rs006        0.4969            
rs007        0.7229            
rs008        0.0345        <- 

我还可以进行一组自动比较，如下所示：

ans<-WGassociation(myData$DV~1,data=myData)

产生以下结果：

          comments codominant dominant recessive overdominant log-additive
rs001          -    0.63396  0.60907   0.56673      0.34511      0.98948
rs002        -    0.43964  0.30132   0.65763      0.20148      0.53629
rs003          -    0.76300  0.79052   0.46217      0.90503      0.60872
rs004        -    0.54956  0.35198   0.39842      0.64349      0.27900
rs005         -    0.37222  0.32537   0.53702      0.15989      0.71894
rs006         -    0.32753  0.18286   0.84399      0.13830      0.34471
rs007            -    0.82284  0.75360   0.68389      0.56956      0.95867
rs008         -    0.77077  0.48628   0.73038      0.53702      0.47055

我要做的是只选择那些在HWE中的snps (即p >.05)，然后只对这些snps进行关联测试。有人知道怎么做吗？我在文档中找不到它(见下文)

有关文档，请参见(lab/tools/SNPassoc/SupplementaryMaterial.pdf)。

Answer 1

在我看来，您想要将data.frame子集到包含具有HWE P> 0.05的SNP的行中，然后对其余的值运行关联测试。以R为基数：

# example object containing all snp data
all_snps <- data.frame(SNP_ID=paste("POS_", 1:1000, sep=""), stat1=sample(100, size=1000, replace=TRUE))

# example object containing hwe test
res <- data.frame(SNP_ID=paste("POS_", 1:1000, sep=""), HWE_P=runif(1000))

# subset the rows where P is > 0.05, extact vector of SNP IDs
SNPS_in_HWE <- subset(res, HWE_P > 0.05)$SNP_ID


# you can subset your "all snp data" object to the rows where the SNP ID is in the list of SNPs with P > 0.05
snps_in_HWE_subset <- all_snps[all_snps$SNP_ID %in% SNPS_in_HWE,]

# run the WGassociation function with this subset 
ans<-WGassociation(snps_in_HWE_subset$DV~1,data=snps_in_HWE_subset)