在文件头中插入部分文件名

Question

我想在我的文件中插入文件标题的一部分。

文件标题是

GeneName_something.fas。

我的文件有这样的格式：

4‘>种a 阿塔塔加塔 =‘>种b 阿塔格纹身

我想在物种名称后面插入基因名。产出将是：

4‘>种-GeneName 阿塔塔加塔 =‘5’>种-GeneName 阿塔格纹身

我想使用bash与可能的awk或sed，并运行它作为循环在我的文件夹。谢谢

Answer 1

使用GNU (BEGINFILE可以替换为FNR==1，但我使用的是-i inplace)：

$ awk '
  BEGINFILE { split(FILENAME,f,"_") }  # split filename on _
  /^\47/ { $0=$0"-"f[1] }              # add to quote-starting records
  1' GeneName_something.fas            # output
'>Speciesa-GeneName
atgaatatagatata
'>Speciesb-GeneName
atagtagctatgat

此版本将更改后的数据输出到stdout，但可以使用awk -i inplace在内部编辑文件(请参阅here)。

注意到，没有检查GeneName实际上存在的文件名。如果它不存在，无论如何都会添加一个-。

Answer 2

遵循awk也可以帮助您进行相同的操作。

解决方案1：

awk 'FNR==1{val=FILENAME;sub(/_.*/,"",val)} />Species/{$0=$0"-"val;} 1' GeneName_something.fas

解决方案2：

awk 'FNR==1{val=FILENAME;sub(/_.*/,"",val)} />Species/{print $0"-"val;next} 1' GeneName_something.fas