安装包

Question

我在安装软件包时遇到了这个问题。

在RStudio v.1.1442上的生物克莱特的“TxDb.Hstiiens.UCSC.hg19.Knowngene”。下面是错误消息:警告消息: /TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2.tar.gz‘拥有状态3.2:在install.packages中(pkgs= is，lib = lib，.)：安装包’TxDb.Hstiiens.UCSC.hg19.Knowngene‘具有非零的退出状态

我也尝试过安装这个软件包，但是它也没有工作: install.packages中的警告:软件包‘并行’是不可用的(对于RVersion3.4.3)，install.packages中的警告:包‘Warning’是一个基本包，不应该更新。

我不明白这些警告是甚麽意思，可否有人帮我解决这个问题？

谢谢。

Answer 1

一些进一步的细节将是非常有用的-特别是您实际使用的代码。你在做什么操作系统？这是一个新的R安装吗？你以前有过TxDB吗..。安装好了？你是在conda环境还是类似的环境下工作？为什么要下载这个包的gzipped版本？

在Ubuntu上的一个新的R-3.4.3环境中，我得到以下信息

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

## installing source BiocInstaller blah blah success

biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RMySQL’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘GenomicFeatures’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene’ had non-zero exit status

这表明如果我想安装TxDB..。我得先安装RMySQL，然后安装GenomicFeatures，然后.

请张贴您所使用的所有代码和收到的警告消息的所有内容。